snps.dat ├── depth.0.dat ├── depth.0.pdf ├── depth.0.png ├── indels.0.dat ├── indels.0.pdf ├── indels.0.png ├── plot.py ├── plot-vcfstats.log ├── substitutions.0.pdf ├── substitutions.0.png ├── summary.aux ├── summary.log ├── ...
snps.dat ├── depth.0.dat ├── depth.0.pdf ├── depth.0.png ├── indels.0.dat ├── indels.0.pdf ├── indels.0.png ├── plot.py ├── plot-vcfstats.log ├── substitutions.0.pdf ├── substitutions.0.png ├── summary.aux ├── summary.log ├── ...
BAM文件作为输出,输出可能基因型的BCF文件。 bcftools mpileup\--max-depth10000\--threads4\-f reference.fasta\-o genotype.bcf\sample.bam 参数说明: --max-depth或-d:为比对中的每个位置设置每个输入文件的读数。在本例中,设置为10000; --threads:设置要使用的处理器/线程的数量(n); --fasta-ref或-f:...
7. depth 得到每个碱基位点的测序深度,并输出到标准输出。 Usage: bam2depth [-r reg] [-q baseQthres] [-Q mapQthres] [-b in.bed] <in1.bam> [...] -r 后面跟染色体号(region) 注意:做depth之前必须做samtools index; 示例: samtools depth in.bam > out.depth.txt 注意: in.bam 必须经过了...
├── counts_by_af.indels.dat├── counts_by_af.snps.dat├── depth.0.dat├── depth.0.pdf├── depth.0.png├── indels.0.dat├── indels.0.pdf├── indels.0.png├── plot.py├── plot-vcfstats.log├── substitutions.0.pdf├── substitutions.0.png├── summary....
├── depth.0.dat ├── depth.0.pdf ├── depth.0.png ├── indels.0.dat ├── indels.0.pdf ├── indels.0.png ├── plot.py ├── plot-vcfstats.log ├── substitutions.0.pdf ├── substitutions.0.png ├── summary.aux ...
├── depth.0.dat ├── depth.0.pdf ├── depth.0.png ├── indels.0.dat ├── indels.0.pdf ├── indels.0.png ├── plot.py ├── plot-vcfstats.log ├── substitutions.0.pdf ├── substitutions.0.png ├── summary.aux ...
<mpileup> Set max per-file depth to 8000 xubo@xubo:~/xubo/data/avocado/NA12878_snp_A2G_chr20$ bcftools filter -s LowQual -e '%QUAL<20 || DP>100' NA12878_snp_A2G_chr20_225058_longer.raw.vcf > NA12878_snp_A2G_chr20_225058_longer.flt.vcf ...
目前用的最新版1.3,跟之前的命令有些变化 报错 bcftools view -cNegv samtools_result.bcf > samtools_result.vcf Error: Could not parse --min-ac Negv 备注: bcftools的–max-idepth默认值是250,超过250的reads就跳过indel的计算了。把这个参数调高就可以看到插入缺失突变了。 参考资料...
genome.fa -Q 0 -vu map.sortP.bam >snp.vcf这个转换成bcftools命令应该是怎么样的--max-depth或...