重新点击工具栏“Flexible Residues”→“Choose Torsions in Currently Selected Residues...”→“Close”,再依次点击“Flexible Residues”→“Output”→“Save Flexible PDBQT...”,将残基信息保存为1fpu_receptor_flex.pdbqt 。
运行AutoDock Vina 将生成一个名为 1iep_ligand_flex_vina_out.pdbqt 的 PDBQT 文件。这个文件包含了在分子对接过程中找到的所有构象。 https://autodock-vina.readthedocs.io/en/latest/docking_flexible.htmlautodock-vina.readthedocs.io/en/latest/docking_flexible.html...
解压得到文件夹里含有autogrid4和autodock4文件,由于该软件已经提前编译,可直接使用,可以将程序放在任意自己容易找到的文件夹下。 AutoDock Vina下载地址: https://vina.scripps.edu/downloads/ 这里我们选择下载“autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz”; ...
AutoDock Vina v1.2.3 Input: --receptor arg rigid part of the receptor (PDBQT) --flex arg flexible side chains, if any (PDBQT) --ligand arg ligand (PDBQT) --batch arg batch ligand (PDBQT) --scoring arg (=vina) scoring function (ad4, vina or vinardo) Search space (required): --m...
SailVina重构增强版 gui docking autodock-vina Updated Apr 21, 2024 Python biocheming / watvina Star 53 Code Issues Pull requests implicit or explicit water model based docking with Autodock vina engine. supporting pharmacophore /position constrained docking drug-design pharmacophore molecular-doc...
本教程文件可在AutoDock-Vina-1.2.3.tar.gz官方程序包中找到，具体路径为：/your/path/AutoDock-Vina-1.2.3/example/mulitple_ligands_docking/；而Python脚本存放在/your/path/AutoDock-Vina-1.2.3/example/autodock_scripts/。1.蛋白质准备（Receptor preparation）从PDB Bank下载PDB ID为2X72...
Using different VEGFR-2 crystal structures, a similar trend was observed with the Glu885 flexible conformation presenting best scores. This study demonstrates that careful use of selective side-chain residue flexibility can improve AutoDock Vina docking score accuracy, without a significant increase in ...
点击docking-macromolecule-set rigid filename选择pdbqt蛋白文件,点击docking-ligand-choose选择小分子点击接受。 点击docking-search parameters-genetic algorithm,弹出的窗口是对接参数,第一个选项对接次数建议设置50次以上,其他参数按照默认设置,然后点击Accept(图7)。
===Docking 小分子化合物indinavir到HIV-1蛋白酶=== 使用AutoDockVina执行docking预测。 在windows命令行提示符或linux终端下运行命令 vina--config conf.txt，大概需要几分钟时间。 2. 输出结果包含两个文件，构象文件dockingResult.pdbqt和日志文件docking.log。dockingResult.pdbqt: 包...
打开PyMOL,依次点选File-Open文件类型选择All Files-选取结果dockingResult.pdbqt文件、原始蛋白和配体的pdb文件、原教程的pdbqt文件。 这个是原始的蛋白受体和配体信息: 受体蛋白信息: 配体信息: 预测的配体信息: Autodock4和vina做对接,结果会有些什么明显区别 ...