下面的工作需要事先安装好ADFR software suite和Meeko,安装方法可参考贴文《AutoDock Vina 1.2.2使用教程(1)——基础Docking篇》。本教程的涉及的文件均可以在官方程序包AutoDock-Vina-1.2.3.tar.gz中找到,具体路径为:/your/path/AutoDock-Vina-1.2.3/example/mulitple_ligands_docking/;而需要用到的Python脚本...
而AutoDock Vina的算法中可以将蛋白质中部分的残基设置为柔性,基于此条件下进行蛋白与配体间的柔性Docking。在本教程中,我们将以”FDA认证的抗癌药物Imatinib和残基Thr315设置为柔性的c-AbI蛋白对接 (PDB ID: 1FPU)“ 为例,介绍AutoDock Vina 1.2.2版本的柔性Docking操作。 准备工具 Autodock Vina 1.2.2、Chimera...
17.进行vina对接(“docking”“output”“vina config”) 18.设置out的文件名名称,保存路径还是工作目录,下面的modes在这里改了也没用,在后续导出的txt文件中加一行命令即可(num_modes=次数自己设置) 19.运行(“run”“run autodock vina”),弹窗中第二行点browse,双击刚刚保存的txt文件,点launch,等着弹框消失...
Autodock Vina 1.2.3、ADFR software suite、Meeko、AutoDockTool和Pymol 操作步骤 本教程以PDE蛋白与两种抑制剂 (PDB ID: 2X72) 对接为例,介绍Autodock Vina多配体Docking新功能。这两种抑制剂在蛋白中为立体异构体,只有R-构型能对接在特定口袋;而R-构型和S-构型均能在第二口袋中稳定结合。...
vina --weight_hydrogen -1.2 ... doubles the strenth of all hydrogen bonds. Functionality that would allow the users to create new atom and pseudo-atom types, and specify their own interaction functions is planned for the future. This should make it easier to adapt the scoring function to sp...
Repository files navigation README Autodock-Vina-with-colab-Tutorial some important works have been borrowed from https://github.com/RyanZR/labodock.git Pretty easy application with detail explanations of each step. WatVina: inclusion of water during docking with vina About...
AutoDock Vina, a new program for molecular docking and virtual screening, is presented. AutoDock Vina achieves an approximately two orders of magnitude spe... O Trott,AJ Olson - 《Journal of Computational Chemistry》 被引量: 2081发表: 2009年 AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of...
SailVina重构增强版 gui docking autodock-vina Updated Apr 21, 2024 Python biocheming / watvina Star 53 Code Issues Pull requests implicit or explicit water model based docking with Autodock vina engine. supporting pharmacophore /position constrained docking drug-design pharmacophore molecular-doc...
AutoDock Vina作为scripps小组研发的新一代免费的分子对接软件。Vina与传统的AutoDock相比,具有快速、准确的特点。目前最新版本1.1.2。 (咨询特价)的优惠套餐包含两大部分(基础班+进阶班): 一、Vina分子对接基础班(688) 视频教程(共3GB,71分钟) 1)分子对接软件安装视频教程(521MB,10分钟); ...
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