mkdir -p ~/project/atac/tss cd ~/project/atac/tss source activate atac computeMatrix reference-point --referencePoint TSS -p 15 \ -b 10000 -a 10000 \ -R /home/kaoku/refer/mm10/ucsc.refseq.bed \ -S /home/kaoku/project/atac/align/*.bw \ --skipZeros -o matrix1_test_TSS.gz \ ...
=0) # 设置插入片段长度的阈值,过滤掉太长的片段 length_cutoff <- 1200 fragment <- data$V1[data$V1 <= length_cutoff] ### ##Part1:基础语法画图 ### # 利用直方图统计频数分布,设置柱子
经常看到ATAC 有一个片段长度周期性分布图,但是一直没注意右上角小图有什么含义?感觉是对fragment统计的count进行了log10,再画图 刚好最近跑了Tn5 酶切数据,就尝试了一下。 image.png 实践: Step1 :获取insert fragment 长度数据 samtools view input.bam | \ awk -F'\t' 'function abs(x){return ((x <...