就叫开放染色质区域(Open Chromation region,OCR),开放染色质允许调控因子结合的特性称为染色质的可接...
寻找能够被转录因子结合的热点区域,也就是在ATAC-seq测序中被较多reads所覆盖的区域。我一开始也是以为寻找染色质开放区域,但后来将macs2 peakcalling处理后生成的bed文件与bam文件转化后的bed文件进行比较,发现peak数少了很多
简而言之,鉴定基因组中ATACSeq测到的区域。ATAC
寻找能够被转录因子结合的热点区域,也就是在ATAC-seq测序中被较多reads所覆盖的区域。我一开始也是以为...
一般就是标注基因结构,宽的表示外显子,窄的表示内含子,箭头表示转录起点和方向。话说连这都没学过就...
具体到ATAC-seq的peak calling,就是找到基因组上开放程度高的区域,这些区域一般开放信号较强,更有可能...
Peak calling不一定是针对ATAC-seq,只要数据形式形如bed或bam等genome track文件。稍微处理一下就可以用...