7.30ul ddH2O溶解回收纯化产物,取3ul进行凝胶电泳检测(加入等体积的1/3甘油作为Loading Buffer,避免loading本身颜色对影响带的观察),其余放到-20度中保存。 关于ATAC-Seq实验计数的认识:个人认为,ATAC-Seq相对先前的染色质状态检测技术来说,减少了实验步骤,节约了实验时间,更易于好操作,分析也可以套用ChIP-Seq的数据...
#3. ChIPQC, NSC, RSC #检测ChIP-Seq/ATAC-Seq/CUT-TAg数据的常用R包: ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia ChIP-seq Quality Assessment #ChIPQC因为参考基因组没有植物的所以不能像介绍那样直接出所有图,但可以分开出部分结果 #参考代码: library(DiffBind) library(ggpl...
ATAC-seq(Assay for Targeting Accessible Chromatin with high-throughout sequencing)是研究基因组范围内染色质开放区域的一种实验技术,通过活跃的Tn5转座酶,对染色质结构开放结构区域进行捕获测序,仅需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息,可以直接鉴定与转录因子结合区域和核小体位置,从而为研究基因调控、DNA...
ATAC-seq基本上依赖于酶反应构建的文库,即转座酶与样品染色质的反应程度,这可能会受到酶的用量、细胞核的数量以及染色质折叠程度和结构的影响。因此,在测序前需要对ATAC-seq文库的质量进行控制,以确保文库浓度达到测序标准。 由于其简单、快速和可重复性,ATAC-seq已迅速成为全基因组范围内染色质可及性分析的重要方法。
atac-seq建库测序方法的原理主要包括三个步骤:细胞溶解、超声波切割和DNA测序。将待检测的细胞溶解并提取其中的染色质。利用超声波将染色质切割成合适的大小。使用DNA测序技术对这些切割后的染色质进行测序,并利用计算方法鉴定出其中的开放染色质区域。这一原理的关键在于高效地切割染色质,以及准确地鉴定出其中的开放染色...
方法 对于染色质,目前基于NGS的研究手段主要有:ChIP-Seq、DNase-Seq、ATAC-Seq、FAIRE-Seq以及MNase-Seq。这几种方法之间的技术差异如下图所示: (C A Meyer et al. 2014) 同样是对染色质开放区进行研究,与早期的FAIRE-Seq、DNase-Seq技术相比,ATAC-aeq有什么技术优势呢?答案是:简单!! ATAC-seq的灵敏性高,...
实施例2:本实施例具体说明了应用于组织样本中染色体开放结合区域定位的atac-seq方法的步骤,包括以下步骤: 步骤一:细胞悬液制备: 制备含有2×106～5×106个细胞的细胞沉淀,将细胞沉淀进行以下处理3次:4℃、500g离心10min,去除上层清液,用预冷的pbs缓冲液洗涤;pbs缓冲液包括:200mmnacl,3mmkcl,1mmmgcl2,1mmcacl2,10m...
利用人工智能方法,结合变分自编码器和高斯混合模型,提出SCALE模型,提取单细胞ATAC-seq数据的隐层特征,将复杂稀疏的高维度染色质开放图谱空间投射到了可解释的低维度特征空间。解析细胞特异性的染色质开放图谱,同时通过相似细胞信息共享,填...
1.一种ATAC-seq测序文库的构建方法,其特征在于,包括如下步骤: S1、细胞裂解提取细胞核; S2、转座反应及纯化; S3、PCR富集及纯化; S4、文库质检及上机。 2.如权利要求1所述ATAC-seq测序文库的构建方法,其特征在于,步骤S1中所述细胞裂解细胞核的提取过程为:对于细胞样本,复苏解冻细胞,进行细胞裂解提取细胞核;对于...
2.根据权利要求1所述的一种ATAC-seq测序数据的生物信息分析方法,其特征在于:所述步骤S1中对ATAC-seq测序数据进行分析与质控的方法为:对下机的原始数据进行过滤,去除含有adapter的数据、N比例大于10%的数据和质量值Q≤10的碱基数占整条read的40%以上的数据。 3.根据权利要求1所述的一种ATAC-seq测序数据的生物信...