我们只要人为地将携带已知DNA序列标签的转座复合物(即带着红色蓝色测序标签的转座酶Tn5),加入到细胞核中,再利用已知序列的标签进行PCR后测序,就知道哪些区域是开放染色质了。而这也就是ATAC-seq的原理。 ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的...
ATAC-seq方法最初是作为微球菌核酸酶测序（MNase-seq）、甲醛辅助的调控元件分离（FAIRE-seq）和脱氧核糖核酸酶I测序（DNase-seq）的替代方法或补充开发出来的（表1）。对于MNase-seq和DNase-seq，当DNA和组蛋白的聚集减少时，未被保护的DNA暴露出来，这样就可以被DNA酶如MNase和DNase酶切割。通过对切割的DNA片段进...
他们通过ATAC-seq实验观察了Mybl2-AmCyan实验组和AmCyan对照组在体细胞重编程过程中的染色质开放性变化。有趣的是,从总体上观察单个测序峰中调节因子Oct4、Sox2、Oct4-Sox2和Klf4的结合Motif数量的变化时,只有Sox2的结合Motif数量在Mybl2过表达时有明显的减少(图C)。但在缩小观察窗口区间后再观察时发现除了Klf4,其余...
ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上有很大的相似性,因此在这一节同时介绍一下两者的分析方法。 分析流程.png Tips:这里先介绍一下上游的分析流程,在数据的质控和比对方面所有组学均大同小异。 2.1 指控与过滤:trim_galore ...
ATAC-seq,利用Tn5转座酶,切割DNA的时候同时加入接头,再PCR扩增即可测序 ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing),即利用Tn5转座酶,切割DNA的时候同时加入接头,再PCR扩增即可测序。 相比于ChIP-seq,ATAC-seq实验一次就可以获得某个特定时空条件下所有的开放染色质区域...
ATAC-seq:利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术 染色体/质结构:细胞核DNA与组蛋白相结合,DNA缠绕在组蛋白上形成串珠式结构,因此染色质结构高度折叠(压缩)。 Tn5转座酶预先载入测序接头,在切除DNA的同时对DNA片段进行标记,ATAC-seq就是通过用Tn5转座酶探测开放的染色质来鉴定可接近的DNA区域。纯化标记的DNA...
ATAC-seq实验的操作方法如下图所示。即对核基因组DNA中开放区域,用Tn5转座酶,将其切割下来,构建成测序文库,进行测序和分析。 图1 ATAC-seq建库示意图 图2 ATAC-seq测序数据分析示例图(片段大小分布及染色质状态分析) 2. ATAC-seq的应用 真核细胞通过将基因组DNA与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质,这些精...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序,并使用生物...