ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。ATAC-Seq方法依赖于使用高活性转座酶Tn5的下一代测序(NGS)文库的构建。 将NGS接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质...
ATAC-Seq方法依赖于使用高活性转座酶Tn5的下一代测序(NGS)文库的构建。 将NGS接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过NGS测序,并使用生物信息学分析具有可及或可访问染色质的基因组区域。 与其他技术(例如研究相似染色质特征的FAIRE-Seq或DNase-Seq...
ATAC-seq(Assay forTransposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing):结合高通量测序对Tn5转座酶易接近性核染色质区域进行测序分析,是研究染色质开放性/可及性的测序技术。通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,即可获得在该时空下全基因组上所有的开放染色质区域信息。 mini ATAC-...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing):分析开放染色质区域。 单细胞RNA-seq(Single-cell RNA Sequencing):测序单个细胞的转录本。 2. 数据处理 预处理 质量控制: 工具:FastQC 步骤:检查原始测序数据的质量,生成质量报告,识别低质量读段和接头污染。 比对到参考基因组 工具:BWA、Bow...
🔬探索表观遗传学的奥秘,我们离不开高通量测序技术!今天,就让我们一起揭秘几种重要的高通量测序技术吧!🌟1️⃣ ATAC-seq 🌿🎯技术原理:利用转座酶Tn5识别并切割开放的染色质区域,加上测序接头,揭示染色质开放性。💡技术特点:高效、低起始量,高信噪比和特异性,非常适合研究转录调控机制、转录因子结合分...
ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。ATAC-Seq方法依赖于使用高活性转座酶Tn5的下一代测序(NGS)文库的构建。 将NGS接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过NGS测序,并使用生物信息学分析具...
例如,ATAC-seq现在已广泛用于新鲜样品单细胞分析,并被证明同样适用于FFPE样本。因此,为FFPE样本开发单细胞ATAC-seq也具有潜在的可行性。然而对于其它表观遗传组分析,比如DNA甲基化检测,由于福尔马林固定引起的核苷酸的不可逆损伤而使其更具挑战性。此外,FFPE样本的代谢组学分析已经被证明在空间水平上是可行的,未来有望...
ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。ATAC-Seq方法依赖于使用高活性转座酶Tn5的下一代测序(NGS)文库的构建。 将NGS接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过NGS测序,并使用生物信息学分析具...
一种整合的表观基因组分析方法,即ATAC-seq,不仅可以告诉我们染色质的可及性,还可以确定核小体定位和转录因子的结合以及它们的相互作用。ATAC-seq 采用高活性 Tn5 转座酶将引物插入开放染色质区域,然后对标记和扩增的片段进行测序和分析,以产生多维表观基因组图谱。
ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。ATAC-Seq方法依赖于使用高活性转座酶Tn5的下一代测序(NGS)文库的构建。 将NGS接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过NGS测序,并使用生物信息学分析具...