作者观察到WT1被转录激活,其调控网络在MPAL细胞中变得更加复杂(图5a);据报道,在新预测的与WT1相互作用的94个TF中,有17个与白血病有关。第二种模式,网络规模单独变化。作者观察到CEBPG没有显着的转录减少,而其抑制因子CEBPA大多增加,而CEBPG的TRN经历了剧烈的收缩,32个CEBPG互作从PBMCs到MPAL细胞消失(图5b)。在...
作者将TOBIAS(通过ATAC-seq信号的研究进行转录因子占用预测的软件)应用于来自Mock和RSV样本的ATAC-seq数据,以探索RSV感染下可见的TF足迹。根据网站(https://jaspar.elixir.no/)分析了转录因子OsWRKY28和OsWRKY45的足迹,据报道,它们在水稻对细菌和真菌疾病的反应中发挥着重要的调节作用。在水稻条纹病毒感染下,OsWRKY28...
chromVAR是一个R包,用于分析单细胞或者bulk ATAC 或者DNAse-seq数据中染色质分析,作者在原文中提到这个R包通过预测染色质开放或者关闭(bam files)以及具有相同motif或者annotation的peaks(peak bed file)进而对染色质开放程度进行分析,同时这个R包也控制了技术误差。chromVAR的一个优点就是可以处理scATAC-seq数据。(但是...
近几年,用ATAC-seq来检测转录因子足迹的软件逐渐完善,2020年发在NC上的这款软件——TOBIAS,可以利用ATAC-seq的比对数据bam文件以及基因组的注释信息去计算全基因组哪些位置有这种转录因子足迹。 图中深蓝色标记的这一段就是会被识别的转录因子足迹。如果我们输入了转录因子的motif矩阵,该软件会帮我们预测出这个位置出...
确定TFBS是理解转录调控机制, 建立转录调控网络的关键问题。通过ATAC-Seq转录因子足迹分析(TF footprinting analysis), 可对TF结合情况进行预测,甚至进一步对全转录因子结合进行分析。图4 转录因子结合预测模型送样建议 样品要求 • 样品类型:细胞系样品• 样本起始量:建库起始量500-50000个,为保证实验成功率,建议...
预测转录因子结合位点,研究转录调控网络。 6.5 单细胞ATAC-seq的应用方向 6.5.1 干细胞分化 造血分化是从造血干细胞分化为具有不同功能的细胞过程。造血分化过程是一个复杂、多阶段的,受多种因子调控的过程,单细胞组学技术有助于解析造血干...
使用ATAC-Seq技术我们可以解决多种问题,如重大疾病发病机制研究;寻找疾病的染色质开放区域差异;研究转录因子结合调控的差异;识别发育过程中的新型增强子;进行核小体定位等。 另外,该技术还可以与其它技术联合使用,比如与ChIP-seq相结合,使用后者来验证通过ATAC-Seq预测得到的转录因子潜在结合区域。又或者可以与转录组测序...
在科研设计中，ATAC-seq通常与RNA-seq、ChIP-seq、Hi-C等技术结合，以探究基因表达调控和染色质结构。比如，与RNA-seq的关联分析可以揭示基因表达与开放染色质区域的关系，而与ChIP-seq的比较则突显了ATAC-seq在预测转录因子结合位点上的优势，它基于全基因组的开放序列而非特定蛋白富集。尽管ATAC-seq...
上述研究通过ATAC-seq数据挖掘上游转录因子，为揭示特定基因调控机制提供了新的视角，与传统的基因共表达和全长启动子预测相比，ATAC-seq提供了更为精准的活性调控区信息。爱基百客生物科技有限公司提供专业的ATAC-seq技术服务，具备丰富的植物细胞抽核方法和大量样本抽核经验，能够协助科研人员在高影响力期刊...
我们可以根据ATAC-Seq预测到的转录因子的潜在结合区域,设计特异的蛋白,利用ChIP-Seq进行验证。 3.2 ATAC-Seq与转录组联合分析 ATAC-Seq具有时空特异性,联合转录组的测序结果,可以得到ATAC-Seq获得的Peaks所处的DNA序列区域,是否对应转录本的表达情况;也可得到转录本相关基因的上游调控序列,进而对基因功能分析,再结合实...