通过足迹分析,研究确定了与基因表达相关的转录因子的活性模式。这些转录因子在癌症中的表达模式与其在正常细胞中的模式存在显著差异,表明它们在癌症中的调控作用发生了改变。此外,研究利用基因表达和染色质可及性数据的关联,预测了大量的远端增强子与基因之间的相互作用。这些相互作用可能影响癌症的发生和发展。最后,通过整...
ATAC-seq footprints可以帮助我们查看转录因子在全基因组上结合的状态。ATAC-seq中的足迹是指活性TF与DNA结合,从而阻止Tn5在结合位点切割。所以客观上形成一个被保护的区域,一个低coverage区域。比如上面这张图。在转录因子结合的位置是一个“低谷”的形状。(ATAC-seq数据分析) 目前有哪些软件可以进行footprinting分析?
输入文件指定从Plant Transcription Factor Database下载的转录因子结合motif的meme文件、第二步得到的转录因子足迹bw文件、基因组序列文件、test和test2的peak 合并后的bed文件。 作者提到这一步可以应用到3种不同的场景: 1、对单个条件鉴定TF活性 2、对两个条件鉴定TF活性,可以进行差异分析 3、对时间序列数据鉴定TF...
反式作用因子是指能直接或间接识别和结合在顺式作用元件上,调控靶基因表达的蛋白质因子,一般也称为转录因子(transcriptional factor,TF),转录因子结合位点((Transcription factor binding site, TFBS)是与转录因子结合的DNA 序列。确定TFBS是理解转录调控机制, 建立转录调控网络的关键问题。通过ATAC-Seq转录因子足迹分析(...
上述实验证实AtacWorks可以在碱基对分辨率下准确预测去噪覆盖率,研究者试图将其扩展到转录因子足迹。为了测试从低输入ATAC-seq进行足迹分析的可行性,研究者从FACS分类的人类血细胞(多功能祖细胞,CD8+ T细胞,NK细胞)获取了高覆盖的ATAC-seq数据,并通过减少轨迹平滑来保存Tn5插入的转录因子特异性模式。然后,对这些轨迹进行...
基于ATACseq足迹识别共定位转录因子篇一一引言随着生物技术的快速发展,转录因子在基因表达调控中的重要性日益凸显。共定位转录因子colocalized transcription factors的识别对于理解基因表达调控机制具有重要意义。
本文旨在通过ATAC-seq足迹分析,识别共定位转录因子,并对其进行分析和解读。 二、研究方法 1.实验设计 本实验选取了若干个基因组作为研究对象,通过ATAC-seq技术对基因组进行测序,获取转录因子在基因组中的足迹信息。 2.数据处理与分析 对ATAC-seq数据进行预处理,包括质量控制、比对、峰值识别等步骤。然后利用生物信息...
ATAC-seq技术是一种基于高通量测序的染色质可及性分析方法。它通过检测DNA片段的酶切位点,揭示细胞内染色质的开放状态,从而反映基因表达调控的动态过程。该技术具有高分辨率、高灵敏度等优点,被广泛应用于基因组学研究。 在转录因子研究中,ATAC-seq技术可以用于识别共定位转录因子的足迹。通过分析ATAC-seq数据,可以确...
DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息，在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹（Footprint）。但由于ATAC-seq技术的限制（当转录因子结合DNA时，会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割，所以会形成一个保护区域，reads无法富集到中间的部分），凹槽的辨识度不高，难以用来做足迹分析，也就是TF与染色质的...
根据网站(https://jaspar.elixir.no/)分析了转录因子OsWRKY28和OsWRKY45的足迹,据报道,它们在水稻对细菌和真菌疾病的反应中发挥着重要的调节作用。在水稻条纹病毒感染下,OsWRKY28和OsWRKY45的足迹(图5b,左)明显可见。重要的是,在RSV感染下,OsWRKY28和OsWRKY45的总可能结合位点分为结合位点和未结合位点(图5b,...