然后,通过分析转录因子的结合模式,研究人员识别出多个在低氧条件下起关键作用的转录因子。这些转录因子通过与特定DNA序列的结合,调控下游基因的表达,从而影响细胞的低氧响应。此外,RNA-seq数据分析显示,低氧条件下多个基因的表达水平发生了显著变化,特别是与血管生成和免疫反应相关的基因。这些变化可能与藏族人群的低氧适应...
2、生成转录因子结合区域的特征(footprinting):转录因子结合在DNA上后,它占有的空间阻碍了转座酶Tn5酶切在其他无核小体区域,这样就会留下一个一个小区域,称为足迹(footprint),在这些区域中,reads由高覆盖率峰值突然下降。所以ATAC-seq footprints可以帮助我们查看转录因子在全基因组上结合的状态,主要应用于研究细胞重...
ATAC-seq footprints可以帮助我们查看转录因子在全基因组上结合的状态。ATAC-seq中的足迹是指活性TF与DNA结合,从而阻止Tn5在结合位点切割。所以客观上形成一个被保护的区域,一个低coverage区域。比如上面这张图。在转录因子结合的位置是一个“低谷”的形状。(ATAC-seq数据分析) 目前有哪些软件可以进行footprinting分析?
1-ATACorrect ATAC-seq测序中用到的Tn5转座酶具有明显的的插入偏见,这干扰了足迹分析,因此应该进行校正。ATACorrect选项用来实现这种校正。 输入文件包括该样本ATAC-seq的bam文件,基因组序列文件、该样本ATAC-seq 鉴定到的peak的bed文件(可查看往期推送,通过MACS2完成)。 --cores指定线程数, --outdir指定输出路径。
基于ATACseq足迹识别共定位转录因子篇一一引言随着生物技术的快速发展,转录因子在基因表达调控中的重要性日益凸显。共定位转录因子colocalized transcription factors的识别对于理解基因表达调控机制具有重要意义。
所以ATAC-seq footprints可以帮助我们查看转录因子在全基因组上结合的状态,主要应用于研究细胞重编程机制,染色质重塑因子,表观修饰对疾病的作用域、T细胞耗竭等等。下面这张图就是已知motif的足迹分析,大概会看到有9个碱基作用的motif 3、生成表观基因组图谱
本文旨在通过ATAC-seq足迹分析,识别共定位转录因子,并对其进行分析和解读。 二、研究方法 1.实验设计 本实验选取了若干个基因组作为研究对象,通过ATAC-seq技术对基因组进行测序,获取转录因子在基因组中的足迹信息。 2.数据处理与分析 对ATAC-seq数据进行预处理,包括质量控制、比对、峰值识别等步骤。然后利用生物信息...
基于ATAC-seq足迹的共定位转录因子研究在多个领域具有广泛应用。例如: 1.疾病研究:通过研究疾病相关基因的共定位转录因子,可以深入了解疾病的发病机制和病理过程,为疾病治疗提供新的思路和方法。 2.基因调控研究:通过分析基因表达调控过程中的共定位转录因子,可以揭示基因表达调控的分子机制和调控网络。 3.药物研发:基于...
反式作用因子是指能直接或间接识别和结合在顺式作用元件上,调控靶基因表达的蛋白质因子,一般也称为转录因子(transcriptional factor,TF),转录因子结合位点((Transcription factor binding site, TFBS)是与转录因子结合的DNA 序列。确定TFBS是理解转录调控机制, 建立转录调控网络的关键问题。通过ATAC-Seq转录因子足迹分析(...
DNase-seq和ATAC-seq技术都能够识别这一信息，在它的峰中会出现一个轻微的凹槽——也就是足迹（Footprint）。但由于ATAC-seq技术的限制（当转录因子结合DNA时，会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割，所以会形成一个保护区域，reads无法富集到中间的部分），凹槽的辨识度不高，难以用来做足迹分析，也就是TF与染色质的...