chromVAR是一个R包,用于分析单细胞或者bulk ATAC 或者DNAse-seq数据中染色质分析,作者在原文中提到这个R包通过预测染色质开放或者关闭(bam files)以及具有相同motif或者annotation的peaks(peak bed file)进而对染色质开放程度进行分析,同时这个R包也控制了技术误差。chromVAR的一个优点就是可以处理scATAC-seq数据。(但是...
利用Motif分析解析开放区域具有的保守性的DNA结合位点,并可预测潜在调控peak相关基因的转录因子。 fig2 Motif与已知转录因子Motif的富集图 ATAC-seq数据得到大量潜在的转录因子(TF),利用Footprint分析,可以找到转录因子结合区域特征以及在全基因组的结合状态,以揭示转录因子调控的分子机制,同时可以缩小目标转录因子范围。 f...
确定TFBS是理解转录调控机制, 建立转录调控网络的关键问题。通过ATAC-Seq转录因子足迹分析(TF footprinting analysis), 可对TF结合情况进行预测,甚至进一步对全转录因子结合进行分析。图4 转录因子结合预测模型送样建议 样品要求 • 样品类型:细胞系样品• 样本起始量:建库起始量500-50000个,为保证实验成功率,建议...
对于常规的ATAC-seq数据鉴定转录因子活性只用前三个选项即可完成。 1-ATACorrect ATAC-seq测序中用到的Tn5转座酶具有明显的的插入偏见,这干扰了足迹分析,因此应该进行校正。ATACorrect选项用来实现这种校正。 输入文件包括该样本ATAC-seq的bam文件,基因组序列文件、该样本ATAC-seq 鉴定到的peak的bed文件(可查看往期推送...
我们可以根据ATAC-Seq预测到的转录因子的潜在结合区域,设计特异的蛋白,利用ChIP-Seq进行验证。 3.2 ATAC-Seq与转录组联合分析 ATAC-Seq具有时空特异性,联合转录组的测序结果,可以得到ATAC-Seq获得的Peaks所处的DNA序列区域,是否对应转录本的表达情况;也可得到转录本相关基因的上游调控序列,进而对基因功能分析,再结合实...
使用ATAC-Seq技术我们可以解决多种问题,如重大疾病发病机制研究;寻找疾病的染色质开放区域差异;研究转录因子结合调控的差异;识别发育过程中的新型增强子;进行核小体定位等。 另外,该技术还可以与其它技术联合使用,比如与ChIP-seq相结合,使用后者来验证通过ATAC-Seq预测得到的转录因子潜在结合区域。又或者可以与转录组测序...
预测转录因子结合位点,研究转录调控网络。 6.5 单细胞ATAC-seq的应用方向 6.5.1 干细胞分化 造血分化是从造血干细胞分化为具有不同功能的细胞过程。造血分化过程是一个复杂、多阶段的,受多种因子调控的过程,单细胞组学技术有助于解析造血干...
《基于ATAC-seq足迹识别共定位转录因子》篇一一、引言随着生物技术的快速发展,转录因子在基因表达调控中的重要性日益凸显。共定位转录因子(co-localizedtranscriptionfactors)的识别对于理解基因表达调控机制具有重要意义。近年来,ATAC-seq(AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing)技术因其高灵敏度和...
上述研究通过ATAC-seq数据挖掘上游转录因子，为揭示特定基因调控机制提供了新的视角，与传统的基因共表达和全长启动子预测相比，ATAC-seq提供了更为精准的活性调控区信息。爱基百客生物科技有限公司提供专业的ATAC-seq技术服务，具备丰富的植物细胞抽核方法和大量样本抽核经验，能够协助科研人员在高影响力期刊...
在科研设计中，ATAC-seq通常与RNA-seq、ChIP-seq、Hi-C等技术结合，以探究基因表达调控和染色质结构。比如，与RNA-seq的关联分析可以揭示基因表达与开放染色质区域的关系，而与ChIP-seq的比较则突显了ATAC-seq在预测转录因子结合位点上的优势，它基于全基因组的开放序列而非特定蛋白富集。尽管ATAC-seq...