根据motif与已知转录因子的富集情况可以绘制气泡图,从而可以看到样本与已知转录因子的富集显著性。 六、差异分析 差异peak代表着比较组合染色质开放性有差异的位点,ChIP-seq和ATAC-seq都可以用DiffBind进行差异分析。DiffBind通过可以通过bam文件和peak的bed文件计算出peak区域标准化的readcount,可以选择edgeR、DESeq2等模型...
基于其差异表达基因的log2(Fold Change) 和log10(q-value)，火山图显示在两种条件下OsNMCP1-OE株系的上调DEGs中PEIG的分布；（b）DEGs（PEIG除外）、NPEIGs和DPEIGs的GO富集分析。热图颜色深浅表示校正后的p-value（FDR），白色表示没有GO term显著富集；（c）OsNMCP1部分下游调控基因的标准化读取密度视图。显示...
该review系统性地描述了ATAC-seq生信分析的主要流程,并推荐了相关软件:使用FastQC进行质控;trimmomatic去除低质量碱基和接头序列;使用BWA-MEM作为序列比对软件;使用MACS2进行Peak Calling;使用csaw进行差异Peak分析;使用MEME-CentriMo寻找motif以及富集分析;使用ChIPseeker用来进...
Genrich 是一个用于从高通量测序数据中识别基因组区域的显著富集(即peak calling)的生物信息学工具。它主要用于处理ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)、ATAC-seq(转座酶可及性测序)和DNAse-seq(DNase I敏感位点测序)等实验的数据。这些技术广泛用于研究蛋白质与DNA的相互作用以及染色质的开放性。 主要特点和功能: 处理...
一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因进行功能分析,再结合实验...
基于其差异表达基因的log2(Fold Change) 和log10(q-value),火山图显示在两种条件下OsNMCP1-OE株系的上调DEGs中PEIG的分布;(b)DEGs(PEIG除外)、NPEIGs和DPEIGs的GO富集分析。热图颜色深浅表示校正后的p-value(FDR),白色表示没有GO term显著富集;(c)OsNMCP1部分下游调控基因的标准化读取密度视图。显示出差异...
首先,ATAC-seq有自己独特的特征:1.ATAC-seq的片段分布是随着片段的增加而减少,在200bp,400bp的时候会有小峰出现。2.在TSS附近有明显的富集。 好了,现在我们来进行第一个质控。如何画ATAC-seq的fragment的分布呢? samtools view -F 0x04 bam | awk -F'\t' 'function abs(x){return ((x < 0.0) ? -...
图4 IGV分析展示在低温胁迫下RNA-seq和Ribo-seq的轨迹 3 转录和翻译水平功能比较 根据DEGs变化,将其分为5组:转录水平、翻译水平、转录和翻译相同变化、转录和翻译相反变化、未变化。对五组DEGs分别进行富集分析,统计富集到的通路。如转录和翻译趋势变化相同的DEGs富集在植物-病原相互作用、苯丙类生物合成、植物激素信...
但由于ATAC-seq技术的限制（当转录因子结合DNA时，会阻止Tn5酶转座酶在该点上的切割，所以会形成一个保护区域，reads无法富集到中间的部分），凹槽的辨识度不高，难以用来做足迹分析，也就是TF与染色质的结合研究。4.2 ATAC-seq技术的优点 1、转座酶方法可以将实验时间缩短至2-3小时，通过简单的酶促反应实现DNA...
一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应...