由于 ATAC-seq 和 ChIP-seq 数据的相似性较高,ChIP-seq 分析使用的软件一般也可用于 ATAC-seq 的分析,但是使用 ChIP-seq 软件分析得到的 ATAC-seq 结果尚未得到系统性的评估。 step1:质控 step2:比对 step3:峰的召回 step4:峰的注释 step5:差异分析 step6:基序分析、通路分析、核小体占据率分析、和其他组学...
java-jar/usr/share/java/trimmomatic-0.36.jarSE-threads4-phred33/home/wang/桌面/SRX091.fastq.gz/home/wang/桌面/resultout.fq.gzILLUMINACLIP:TruSeq3-SE.fa:2:30:10LEADING:3TRAILING:3SLIDINGWINDOW:4:15MINLEN:25# 双端过滤代码参考 java-jar/usr/share/java/trimmomatic-0.36.jarPE-threads4-phred33...
macs2 callpeak -f BAMPE -g<有效基因组大小>-t<干净的aliged.bam>-n<输出文件名>-q 0.01 --nolambda --nomodel -B --outdir<输出文件位置># ATAC-seq: 此处显示的代码用于无对照的ATAC数据,由于atac关注剪切位点,因此可将片段向5‘移动100bp,随后向3’延伸为200bp的片段(--shift -100 --extsize...
title = paste0("Volcano plot - ATAC-seq peaks ", "difference in ", "ESCC vs ESAD\n"), filename = NULL, label = c("Not Significant", paste0("High in ESCC (vs ESAD)"), paste0("Low in ESCC (vs ESAD)")), ylab = expression(paste(-Log[10], " (FDR) [two tailed t-test...
ATACseq 分析流程如下图所示。质控、比对、peak calling 是必须的上游分析,Motif 等下游分析是个性化的。 流程示意图 准备工作 下载参考基因组、建立索引、移除不需要区域等。参考基因组在 GENCODE 下载。 一般用 bowtie2 比对,建立 bowtie2 索引。 bowtie2-build -f GRCh38.primary_assembly.genome.fa GRCh38...
atac seq数据分析一问就够下 stata数据分析 提示:文章写完后,目录可以自动生成,如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录 一、面板数据基本概念 二、STATA长面板数据分析步骤 1.数据导入与处理 2.描述性统计 3.单位根检验 4.协整检验 5.模型的筛选 6.模型的检验...
答案是No no~~,实际上ATAC-seq在应用中往往要与其他的测序一起联用进行组合分析: 1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。
ATAC-seq分析的第一步是预分析,主要包括三个部分:1. 测序原始数据质控;2. 序列比对(Mapping);3. 比对后处理和质控。 01 测序原始数据质控 对ATAC-seq的测序原始数据质控和序列比对的流程与其它二代测序数据标准分析流程基本相同,比如可以选择FastQC软件来可视化碱基...
第五讲——ATAC-seq和CUT&Tag原理与分析, 视频播放量 3667、弹幕量 3、点赞数 34、投硬币枚数 25、收藏人数 175、转发人数 34, 视频作者 菲沙基因, 作者简介 以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展;,相关视频:第六讲——ATAC-seq上机操作,第