概述了使用Cicero的单细胞ATAC-Seq分析工作流程。 Cicero可以执行两种主要类型的分析: 构建和分析顺式调节网络。Cicero通过分析共可及性来确定假定的顺式调控相互作用,并使用各种技术来可视化和分析; 一般单细胞染色质可及性分析。Cicero还扩展了软件包Monocle 允许使用单细胞染色质可及性数据识别差异可及性、聚类、可视...
接下来就是ATAC-seq的数据分析了。 首先拿到fq文件之后,我们首先需要对其进行过滤: fastp -i fq1 -I fq2 -o out1 -O out2 -w 16 建议大家使用fastp的默认参数,因为ATAC-seq的片段长度只有50bp左右。因此很多公司给的clean data是150bp的话是不合理的,可能会导致很多信息被漏掉(这是我掉的坑)。 拿到过滤...
转录起始示意图 多种DNA结合模式 Motif 分析 Motif分析旨在识别开放染色质区域中的调控元件和转录因子结合位点。通过分析ATAC-seq数据,研究者可以识别出富集的短序列模式(motifs),并推测可能的转录因子及其对基因表达的影响。这种分析在基础生物学研究和疾病机制探索中具有重要意义,能够帮助我们理解基因调控网络的动态变化和...
ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。 2 在转录和翻译水平上对寒冷响应 1)翻译特征总结。RFs长度在32nt左右,主要在CD...
通过ATAC-Seq数据分析,可以获得高置信度的染色体结构开放区域。结合reads分布和 Peak检测结果,绘制出每个样品在整个基因组水平上的调控活性图谱。图1 全基因组调控活性图谱2、核小体定位预测 由DNA和组蛋白形成的核小体是构成真核细胞染色质的基本结构单位,每个核小体由146bp的DNA缠绕组蛋白八聚体约1.65圈形成,核...
转录起始示意图 多种DNA结合模式 Motif 分析 Motif分析旨在识别开放染色质区域中的调控元件和转录因子结合位点。通过分析ATAC-seq数据,研究者可以识别出富集的短序列模式(motifs),并推测可能的转录因子及其对基因表达的影响。这种分析在基础生物学研究和疾病机制探索中具有重要意义,能够帮助我们理解基因调控网络的动态变化和...
首先，研究人员通过ATAC-seq分析了1-MCP短期或长期处理下木瓜果实染色质可及性的变化。PCA（Pearson correlation analysis）（图2A）显示对照组不同生物重复之间的相关系数为0.96，1-MCP处理2h组的相关系数为0.98和1-MCP处理16h组的相关系数为0.98，不同生物学重复之间具有高相关系数，这表明了该研究采样和数据的...
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种利用转座酶研究染色质可接近性的测序技术,利用DNA转座酶Tn5切割开放的DNA区域结合高通量测序研究染色质的开放状态。与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应...
图3. 人类胚胎造血细胞的单细胞染色质可及性分析。来源:Cell Stem Cell 目前尚无人类胚胎HSPCs的染色质可及性图谱,研究者基于基因体可及性绘制细胞图谱来整合scRNA-seq和scATAC-seq数据。首先使用6种丰富的细胞类型对scRNA-seq实验中筛选...
ATAC-seq分析的第一步包括比对前QC,read比对到参考基因组,和比对后QC和处理(图2A)[32]。 比对前质量控制 比对前质量控制和read比对步骤是大多数高通量测序技术的标准配置。例如,FastQC [39]可用于在测序数据中可视化碱基质量得分、GC含量、序列长度分布、序列重复水平、k-mer过高以及引物和衔接子的污染。总体高的...