本ATAC-seq试剂盒优化了反应体系和实验操作流程,文库时间更短(仅需3小时)即可完成文库构建,起始样本要求更低,抗体投入量更少,文库产量更高等优点,是表观遗传学研究技术的又一研究利器,目前已开放GeneRulor Transposome和ATAC-seq的试用申请,欢迎查询采购和申请免费试用。
BPM :每百万映射 reads 数的 bin,与 RNA-seq 中的 TPM 相同;BPM (per bin) = number of reads per bin / sum of all reads per bin (in millions). RPGC :基因组内容的 reads 数(1x 归一化), number of reads per bin / scaling factor for 1x average coverage. None=默认值,相当于根本不设...
2. 片段化 打断基因组,获取目的片段。此模块需包含一个孵育测序接头的转座酶,近岸蛋白ATAC-seq实验方案2.0内含特殊优化的转座体,灵敏度更高,可实现500-50,000个细胞建库,下机数据分布清晰、信噪比高、特异性强。 图4 染色质开放性检测试验结果 3. DNA提取 片段化之后,可以选择性的进行DNA提取。近岸蛋白ATAC-seq...
传统的实验方法主要包括 MNase-seq 和 DNase-seq,它们的主要思路是:当染色质变得开放时,DNA 和组蛋白的聚集程度降低,导致一部分 DNA 暴露出来。失去蛋白质的保护后,这部分 DNA 可被 DNA 酶(如 MNase 或 DNase I)切割。随后,我们对切割后的 DNA 进行测序,并将其与已知的全基因组序列进行比较,以确定哪些序列...
当前,由于ATAC-seq普遍使用Illumina的Nextera文库,Nextera测序接头比例过高,进行准确的read比对前需将接头删除。目前,去除接头的工具大多采用不同的动态编程,包括 cutadapt,AdapterRemoval v2 ,Skewer和trimmomatic,它们都需要输入已知的接头序列。Trim-galore,fastp可以自动识别序头序列。对于Nextera和Truseq文库使用trimmomatic...
单细胞atacseq流程单细胞atacseq流程 1.样品准备与处理 2.单细胞捕获 3.透化与标记 4.文库构建 5.测序与质量控制 6.数据分析与解读 7.结果验证与应用©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
ATACseq 分析流程如下图所示。质控、比对、peak calling 是必须的上游分析,Motif 等下游分析是个性化的。 流程示意图 准备工作 下载参考基因组、建立索引、移除不需要区域等。参考基因组在 GENCODE 下载。 一般用 bowtie2 比对,建立 bowtie2 索引。 bowtie2-build -f GRCh38.primary_assembly.genome.fa GRCh38...
从上面的实验流程也可以看出,ATAC-seq中比较重要的步骤是细胞悬液制备和提取完整的细胞核,在细胞裂解和提取细胞核过程中,线粒体DNA可能会与染色体DNA一起被提取和处理,从而引入线粒体污染。线粒体是没有组蛋白保护的,容易被Tn5转座酶切割,同时线粒体的拷贝数也比染色体高很多,如果线粒体在实验过程中没有去除,很...
图 ATAC-seq概述（Buenrostro et al., 2015）。服务流程 服务流程 客户在线下单——订单/实验材料确认——材料准备——制备细胞悬液——裂解细胞膜——获取细胞核——TN5酶切——DNA片段回收——PCR扩增建库——高通量测序——数据分析——结果交付 服务内容及说明 服务内容及说明 适用范围 1、发育过程中染色质...