IGV支持GFF2、GFF3和GTF文件格式,GFF3是最常用的。 ◆ BAM:BAM(.bam)文件是SAM文件的二进制版本,SAM文件(.sam)是一个包含序列比对数据的制表符分隔的文本文件,IGV也支持BAM格式。值得注意的有两点,一是BAM和SAM都得按位置排序并索引,排序和索引可以用igvtools完成;二是参考基因组和SAM/BAM的染色体名称必须一致...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区并...
图7:Reads在peak区域的IGV可视化结果 案例解析 2018年10月26日,Howard Y. Chang教授团队在国际顶级学术期刊《Science》发表了染色质可及性研究的最新成果。利用ATAC-seq方法,结合癌症基因组图谱研究的现有数据,研究人员在410例囊括23种癌症类型的冷冻样本中,定位了562,709个可重复、转座酶可接近的染色质可及性位点。
CK和LT样本的ATAC-seq数据用IGV可视化,三个生物学重复数据高度一致。 图7 CK和LT样本ATAC-seq数据分析结果 7 远端可及染色质和相关基因分析 有研究发现顺式调控元件(CREs)在远端可及染色质区域(dACRs)可能在植物基因组远端转录调控中起着重要作用。因此,本文进一步分析了在LT样本中433个远端THSs的作用。这些远端的...
ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序,并使用生物信息学分析具有可及或可访问染色质的基因组区域。
Save Image”功能，以矢量格式保存图像。总结 IGV为基因组数据可视化提供了强大的支持，通过合理的文件导入、定位与图像美化，可轻松创建专业级的图表。如需更高效的服务，爱基百客生物提供ChIP-seq/DAP-seq/ATAC-seq/CUT&Tag等全套技术服务，包括可视化文件生成和指定基因的可视化绘图，欢迎联系咨询。
ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序,并使用生物...
Cut&Run的分析我基本吃透了,因为没什么背景噪音,IgG用spike-in校正一下即可,call peak也很简单,后面的IGV可视化,DiffBind差异分析也能互相验证,再结合生物学的marker,对数据就基本掌控了。 基于这些solid的基础分析,就能做一些高级分析,主要是拿到peak、bam文件,就能在R里自由翱翔了。
影子基因使用自主研发的ATAC-seq建库试剂盒进行不同细胞投入量的ATAC文库构建。结果表明:即使低至100cells的样本,下游数据质量同样优异,TSS富集结果显示在转录起始位点富集显著。IGV可视化结果显示100cells、500cells和5万cells的peaks一致性高。 图注:不同细胞投入量TSS富集结果 ...
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种利用转座酶研究染色质可接近性的测序技术,利用DNA转座酶Tn5切割开放的DNA区域结合高通量测序研究染色质的开放状态。与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应...