ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区并...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区并...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag通常用于研究特定蛋白在基因组特定位置的结合情况，而ATAC-seq则关注染色质可及性。原理是，结合蛋白或染色质开放区域的DNA片段在测序时会比非结合片段的reads富集，形成“peak”。IGV工具概述 在掌握了基础知识后，让我们聚焦于如何使用IGV工具绘制这些图表。IGV是一款用户友好、...
CK和LT样本的ATAC-seq数据用IGV可视化,三个生物学重复数据高度一致。 图7 CK和LT样本ATAC-seq数据分析结果 7 远端可及染色质和相关基因分析 有研究发现顺式调控元件(CREs)在远端可及染色质区域(dACRs)可能在植物基因组远端转录调控中起着重要作用。因此,本文进一步分析了在LT样本中433个远端THSs的作用。这些远端的...
conda env create --file atac-seq-env.yml# ATAC-seq 创建完成后激活环境就可以使用了: conda activate atac-seq 数据获取与预处理 从NCBI SRA 数据库下载 SRR_Acc_List.txt 文件: 后面的分析都可以基于这个文件进行批处理。 使用sratools 进行批量下载,下载比较慢,就用 nohup 挂在后台下载,自己可以做点别的...
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种利用转座酶研究染色质可接近性的测序技术,利用DNA转座酶Tn5切割开放的DNA区域结合高通量测序研究染色质的开放状态。与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应...
图7:Reads在peak区域的IGV可视化结果 案例解析 2018年10月26日,Howard Y. Chang教授团队在国际顶级学术期刊《Science》发表了染色质可及性研究的最新成果。利用ATAC-seq方法,结合癌症基因组图谱研究的现有数据,研究人员在410例囊括23种癌症类型的冷冻样本中,定位了562,709个可重复、转座酶可接近的染色质可及性位点。
挑选具体的基因,进行IGV软件载入bw文件的可视化,看ATAC-seq的信号差异: IGV软件载入bw文件的可视化 另外一个不得不提的经典图表,就是看信号强度的: 处理流程 首先看上游数据处理流程: ATAC-seq paired-end reads were trimmed for Illumina adapter sequences using a custom script ...
cp.condarc~/conda env create--file atac-seq-env.yml #ATAC-seq 创建完成后激活环境就可以使用了: 代码语言:javascript 复制 conda activate atac-seq 数据获取与预处理 从NCBI SRA数据库下载 SRR_Acc_List.txt 文件: 后面的分析都可以基于这个文件进行批处理。
ChIP-seq 本质就是研究DNA-protein互作,通过特异性抗体抓蛋白,对互作的DNA测序。 参考: hbctraining/Intro-to-ChIPseq ChIP-Seq上游数据处理一网打尽2023更新版 跟Cut&Run可以共享流程,主要差别就是rmDup、call peak时一定要用control,去掉背景噪音。 关于reads rm dup ...