首先,研究者对FACS分离的造血干细胞进行dscATAC-seq,生成了9,974个单细胞染色质可及性谱,接下来,为了定义淋巴系和红系分化的轨迹,研究者从富含珠粒的CD34+细胞中收集了已发表的dscATAC-seq数据,并将所有单细胞图谱投影到一个共享的潜在空间中,使用UMAP进行降维可视化。结果证实,位于该区域的造血干细胞在GATA2基序...
单细胞ATAC测序(scATAC-seq)和bulk ATAC测序(bulk ATAC-seq)都是研究染色质可及性的技术,用于识别在基因组中无核小体区域(即开放染色质区域),这些区域通常与基因表达调控相关。 scATAC-seq在单细胞水平上测量染色质的可及性,通过在单细胞水平上分析染色质可及性,scATAC-seq可以揭示不同细胞类型或细胞状态之间的异...
首先,研究者对FACS分离的造血干细胞进行dscATAC-seq,生成了9,974个单细胞染色质可及性谱,接下来,为了定义淋巴系和红系分化的轨迹,研究者从富含珠粒的CD34+细胞中收集了已发表的dscATAC-seq数据,并将所有单细胞图谱投影到一个共享的潜在空间中,使用UMAP进行降维可视化。结果证实,位于该区域的造血干细胞在GATA2基序...
第4章: ArchR降维分析 scATAC-seq数据的稀疏性让降维这一步充满了挑战性。在scATAC-seq数据中,一个特定的位置存在三种状态,分为不开放,一条链开放,两条链都开放。但即便是在高质量的scATAC-seq数据中,大部分开放区域都没有被转座酶切割,因此大部分座位都是0。此外,如果我们发现一个细胞(A)的一处peak区域有三...
首先,研究者对FACS分离的造血干细胞进行dscATAC-seq,生成了9,974个单细胞染色质可及性谱,接下来,为了定义淋巴系和红系分化的轨迹,研究者从富含珠粒的CD34+细胞中收集了已发表的dscATAC-seq数据,并将所有单细胞图谱投影到一个共享的潜在空间中,使用UMAP进行降维可视化。结果证实,位于该区域的造血干细胞在GATA2基序...
注:几乎对于每一种转录因子TF的CRISPRi扰动,ATAC Seq测序数据通过降维处理都可以发现一个突出的DNA Motif 特征。暗示了级联转录因子调控的特征性。 G:针对F的分析,联合GO信息,进一步ATAC Seq数据分析的维度信息生华成,M1M2M3等模块调控化细胞分化状态转录调控知识的可能。为生化验证提供数据驱动。
首先,研究者对FACS分离的造血干细胞进行dscATAC-seq,生成了9,974个单细胞染色质可及性谱,接下来,为了定义淋巴系和红系分化的轨迹,研究者从富含珠粒的CD34+细胞中收集了已发表的dscATAC-seq数据,并将所有单细胞图谱投影到一个共享的潜在空间中,使用UMAP进行降维可视化。结果证实,位于该区域的造血干细胞在GATA2基序...
采用多种聚类方法对数据进行降维聚类分析,观察到髓系共同祖细胞(commonmyeloid progenitors,CMP)和粒细-巨噬细胞祖细胞(granulocyte-macrophage progenitors ,GMPs)的异质性,并绘制了各个谱系细胞分化连续轨迹。此外本研究整合了scATAC-seq 和 scRN...
结论3 单细胞分辨率ATAC-seq揭示了染色质可及性对基因表达的影响 Fig S11 尽管体细胞之间的基因组信息几乎是相同的,但为了通过细胞类型特异性的转录基因调控来实现其独特的生物学功能,需要基因组信息的不同使用,特别是通过细胞之间不同的染色质可及性来实现。迄今为止,大量RNA和ATAC-seq数据集显示出较低的相关性,...
1.2.载入10X ATAC-seq 数据 如果您的scATAC-seq数据来自10xgenomic平台,这里有一个从Cell Ranger ATAC输出创建输入CDS的示例。感兴趣的输出将在filtered_peak_bc_matrix文件夹中。 #读入稀疏矩阵格式的文件indata <- Matrix::readMM("filte...