1、ATAC-seq+RNA-seq: 在常规思路中,RNA-seq通常优先于ATAC-seq进行实验,获得差异表达基因后,后续可进一步运用ATAC-seq的motif分析,对启动子区域的染色体开放性染色质开放性发生变化的差异基因进行深入探究,并识别出特定的转录因子结合情况,基于这些分析结果,再进行后续的验证实验。 另一个思路是,通过ATAC-seq技术检...
ATAC-seq+RNA-seq:一般来说,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,但是差异基因富集出来的基因通路只是一种相关性。想要分析出其中是谁调控了目的基因,就可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找潜在的调控因子,然后再进行后续的实验验证或者chip-seq的验证。 +HiC:对于一些想了解染色质高级结构对生命行为的作用的时候,通常会需...
ATAC-seq与ChIP-seq calling出来的peak代表的意义是不同的: ChIP-seq是用目的蛋白的抗体去拉蛋白,进而把目的蛋白结合的DNA片段也拉下来,然后把 DNA 片段映射到基因组,在基因组上的结合位置就会有DNA 片段堆叠,将这些DNA片段堆叠用柱状图画出来,就会得到所谓的Peak,所以这种情况一般只有一个峰; 而ATAC-seq是靠Tn5...
1. ATAC-seq技术对低至500个细胞的实验有效 相对于ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等染色质开放区信息的探索技术,ATAC-seq技术的优势在于所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短(约3h)。 图4. ATAC-seq与DNase-seq、MNase-seq的性能对比(2013,William J) 2. 物种适用性好 ATAC-seq技术经过后续的不...
1细胞类型:常见的悬浮细胞系正常离心收集弃去培养基即可使用;而对于大部分贴壁细胞系来说,按照常规流程使用胰蛋白酶消化后得到细胞悬液也可正常进行ATAC-seq实验。 2细胞状态:在准备细胞时需要保证细胞处于正常的生长状态,生长状态不佳的细胞,其胞内的蛋白核酸结合相互作用状况会发生改变...
ATAC-seq 所以实际上这些序列在基因组上的位置就是开放染色质区域,这样ATAC-seq就实现了在全基因组定位开放染色质区域的目的。我们将下机数据利用bowtie2或者bwa等比对工具进行比对之后,在利用UCSC或者igv进行可视化,信号越强的区域其开放性就越大了。 ATAC-seq ...
Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是…
传统的CHIP-seq技术 对于DNA结合蛋白，CHIP-seq实验的目的是得到丰富的与特定蛋白结合的DNA。该过程包括...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性核染色质区域进行测序分析,是一种表观遗传学研究技术。通过ATAC-seq测序可以得到全基因组范围内的染色质可及性图谱,获得所有活跃的调控序列,如潜在的活跃转录因子及靶基因。
一、答案：ATAC-Seq是一种高通量测序技术，用于研究染色质的开放性状态，即哪些区域可以接触并响应转录因子等调控蛋白的调控。其分析干货主要包括以下几点：数据质量控制、峰识别与注释、染色质开放性区域的分析及基因调控网络的构建。二、详细解释：1. 数据质量控制：这是ATAC-Seq分析的第一步，目的是确保...