在常规思路中,RNA-seq通常优先于ATAC-seq进行实验,获得差异表达基因后,后续可进一步运用ATAC-seq的motif分析,对启动子区域的染色体开放性染色质开放性发生变化的差异基因进行深入探究,并识别出特定的转录因子结合情况,基于这些分析结果,再进行后续的验证实验。 另一个思路是,通过ATAC-seq技术检测染色质开放区域的DNA,初...
两组学关联分析的核心在于通过相同细胞亚群的上调基因和上调peak分析来鉴定核心TF和靶基因,接着可以对目标亚群进行深入分析,最后通过实验验证目标细胞或基因的功能。 图1 两组学关联分析思路 1)质控分群 首先,通过scRNA-seq数据分析,我们可以识别和鉴定出不同的细胞亚群。接着,我们可以使用scRNA-seq的数据来注释scATAC-...
ATAC-seq与RNA-seq联合分析,可以获得生物体的转录调控机制。通过ATAC-seq获得细胞在某一特定时空侠染色质展开区域的信息,可用于检测在该条件下发生转录的基因及顺式作用元件。通过RNA-seq技术可获得细胞在该特定时空下所有转录本信息。将两者数据相整合,则可以推断相关基因上游的顺式调控序列,宏观分析细胞在特定时空下...
一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因进行功能分析,再结合实验...
接下来,作者分析了样本的ATAC-seq数据。作者首先在所有皮质和髓质样本中确定了可访问的染色质区域(ARs),然后将这些区域合并到一个主列表中,总共产生196278个ARs。在所有样本中,>75%的ARs位于TSS>5kb的位置,这与它们作为远端调控元件的作用一致,并重现了作者之前研究中的类似观察结果。在这些ARs中,有8750个(4.5%)...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。
ATAC-Seq 基于转座酶和高通量测序的染色质分析技术(ATAC-seq)是一种新的表观遗传学技术,是一种利用转座酶(改造后Tn5转座酶)来研究全基因组范围内染色质开放性的方法。ATAC-seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写,最早是由斯坦福大学的Howard Chang和William Greenl...
此外,Cicero包提供了一个扩展工具包,用于使用Monocle 3提供的框架分析单细胞ATAC-seq实验。本简介提供了使用Cicero的单细胞ATAC-Seq分析工作流的概述。有关更多信息和选项,请参阅Cicero R包的手册页。 Cicero主要的两大功能: (1)建立和分析...
ChIP-seq[5]技术是通过染色质免疫共沉淀及时特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段进行高通量测序,常用于特定转录因子或组蛋白特异性修饰位点的研究。 ATAC-seq[6]技术通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质(未经蛋白或核小体保护的DNA部位)的特性,在整个基因组范围内对Tn5酶捕获到的DNA片段进行高通量测序。 染色质可及性...
这是为一个同学做的课件,主要是提供思路。从GDC下载ATAC-seq癌症特异性高峰并导入R.之后,进行食管腺癌(ESAD)与食管鳞状细胞癌(ESCC)的分析,并将结果可视化为火山图和热图。 1.3目标和目的 下载并理解ATAC-seq数据 比较两组不同的样本ATAC-seq数据 3 导入R包 ...