一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因进行功能分析,再结合实验...
2、怎么看? 答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-se...
(一)利用IGV同时查看Chip-seq和ATAC-seq的结果 拿到所有CHIP-seq和ATAC-seq的bw文件,可以在IGV里将这些文件一起导入,然后搜索基因cdc25b,查看基因附近的峰的情况: 文献原图 我做的图 上面两个文件是Chip-seq的峰图(红色,粉色),下面5个是ATAC-seq的峰。可以看出smad2/3在两个基因之间有一个结合的峰(红色),...
lane1_reverse_unpaired.fq.gzILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10LEADING:3TRAILING:3SLIDINGWINDOW:4:15MINLEN:25 结果发现,使用以上参数有三个文件中的数据100%被过滤掉了,但是其他数据draped率不超2%,个人推测trimmomatic参数设置过于严格不适合我的短片段数据。 因此,换用了目前比较新的fastp过滤软件,如需了解...
求助如标题，发自小木虫IOS客户端
5、Q:ATAC项目结果中酶切片段的长度分布峰怎么看? A:酶切片段是指ATAC-seq实验中经转座酶Tn5切割后获得的DNA片段。酶切片段的长度分布可以反映Tn5 酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图...
北京诺禾致源科技股份有限公司,提供ATAC-seq知识分享和检测服务,专注于生命科学与研究、肿瘤临床治疗建议、以及人类遗传领域,致力于成为全球领先的基因组学解决方案提供者。
你是否在文献中看到过这样的图，想知道如何制作？在撰写ChIP-seq/DAP-seq/ATAC-seq/CUT&Tag研究时，希望在文章中加入目标基因的可视化图表？首先需要明确：这类图展示的是测序reads的可视化结果，通过将reads与参考基因组比对，展示目标基因上的转录因子结合、组蛋白修饰以及染色质开放度。ChIP-seq/DAP-seq...
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在搜索框中搜索peak,找到注释页面。 http://www.bioinformatics.com.cn/basic_chipseq_atacseq_peak_annotation_by_chipseeker_t017 ...
寻标宝于2025-01-14发布[服务]ATAC-SEQ测序采购结果公告,项目位于湖北省,项目编号null,招标单位华中农业大学,中标单位武汉伯远生物科技有限公司。寻标宝为您提供湖北省2025年最新的招标采购信息查询服务。