靳姣姣:一文带您全方位了解单细胞ATAC-seq 单细胞ATAC-seq原理介绍与报告解读 scATAC-seq建库原理,质控方法和新R包Signac的使用-CSDN博客 scATAC-seq(Signac)官方分析流程复现 - 知乎 (zhihu.com) 使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析(一):Analyzing PBMC scATAC-seq - 简书 (jianshu.com) 说了那么久的moti...
Assay for Transposase-Accessible Chromatin(ATAC-seq)是美国Stanford大学的William Greenleaf教授在2013年利用DNA转座酶结合高通量测序技术,研究染色体的可及性的方法。ATAC-seq技术是利用Tn5转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,再通过高通量测序获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。 技术应用...
ATAC-seq报告解读 适用人群:生物学、医学、农学相关专业教师、在站博士后、在读研究生
有许多方法可用于从 ATACseq 数据中调用无核小体区域,其中许多方法借鉴自 ChIPseq 分析。一种非常流行且标准的 ATACseq 峰值调用程序是 MAC2。 2.1. 单端数据 使用ATACseq 的单端测序,我们不知道片段有多长。因此,与 ChIPseq 相比,要识别开放区域,MACS2 峰值调用需要一些不同的参数。采用的一种策略是将读取 5'...
例如,通过分离水稻根、拟南芥胚胎和种子胚乳上特定细胞类型标记的细胞核技术,从细胞核群体中建立转录组。然而,单细胞核测序也存在一些问题,如snRNA-seq会有检测到的基因偏少的风险。并且,使用完好无损技术的前提是鉴定细胞类型特异性标记基因来表达报告基因,并且需要产生转基因材料。
干旱诱导的染色质可及性改变基因主要在代谢、刺激和结合途径中富集。RNA-seq和ATAC-seq联合分析鉴定了240个在干旱条件下染色质可及性较高且基因表达增加的基因,这些基因可能在干旱响应过程中发挥重要作用。文章整体思路比较简单,里面的图也是爱基百客报告中常见的分析图,各位老师可以参考这篇文献进行快速发文。
ChIPQC是一个Bioconductor包,输入文件包括BAM和peak文件,可以自动计算一些质量评估值,并产生质量报告。 准备数据 BAM files 首先对比对过滤后的bam数据(chr12_aln.bam)建索引,然后将bam和index文件从~/ngs_course/chipseq/results/bowtie2移动到自己的目录文件夹data/bams ...
ChIPQC是一个Bioconductor包,输入文件包括BAM和peak文件,可以自动计算一些质量评估值,并产生质量报告。 准备数据 BAM files首先对比对过滤后的bam数据(chr12_aln.bam)建索引,然后将bam和index文件从~/ngs_course/chipseq/results/bowtie2移动到自己的目录文件夹data/bams peak files将narrowPeak 文件从macs2目录下~...
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ATAC-seq数据标准分析结题报告.PDF 上海嘉因生物科技有限公司 ATAC-seq 数据标准分析结题报告 项目编号: 项目名称: 项目日期: 上海嘉因生物科技有限公司 监制 Tel: 021 Email: marketing@ 上海嘉因生物科技有限公司 目录 一、背景介绍 4 二、实验测序流程 6 1 实验步骤 7 2 上机测序 8 三、生物信息分析流程 9...