RNA-seq一般不去重复(起始量高,扩增数少;某些RNA含量很高) ChIP-seq一般去重复(起始量低) call SNP一般去重复(PCR扩增错误影响SNP识别位点置信度) PCR去重工具首选Picard 万事无绝对,还需参考起始量和PCR扩增数判断是否去重复。reads mapping覆盖均匀度可以判断是否需要去重复。 根源上解决去重复问题:起始量高,循环...
最近有粉丝在我们《生信技能树》公众号后台吐槽说某公司,给他们测了ATAC-seq,只拿到差异peak,想要不差异的peak居然被告之是额外分析项目,要加钱。各种巧立名目的费用让他害怕,还不如直接找公司要来fastq测序数据,找我们从头开始分析。 一条龙服务,一个ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600。同样的我把这个《ATAC-seq...
优势:使用细胞数较少;使用ATAC-seq识别全基因组上的开放染色质区域,在调控区域识别核小体结合和核小体游离位置,寻找全基因组范围内蛋白质可结合位点的信息,寻找不知道的特定转录因子;使用“footprint”推断dna结合蛋白在b细胞系中的位置。 ChIP-seq:一种针对DNA结合蛋白,组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。根...
对ATAC-seq数据来说,大部分教程都推荐去除PCR重复,所以我们加上这个步骤: conda activate rna for i in `ls *.raw.bam` do i=${i/.raw.bam/} echo " samtools index ${i}.raw.bam | bedtools bamtobed -i ${i}.raw.bam > ${i}.raw.bed|samtools flagstat ${i}.raw.bam > ${i}.raw.st...
一条龙服务,一个ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600。同样的我把这个《ATAC-seq》任务安排给了学徒,感谢学徒在这个春节假期还兢兢业业完成任务! 下面是学徒的探索 环境搭建 如果是全新服务器或者全新用户,首先需要安装conda(最适合初学者的软件管理解决方案): ...
ATACseq 分析流程 ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质,结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时,结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 DNA 能被 Tn5 转座酶切割,与核小体紧密结合的 DNA 无法被切割。Tn5 转座酶切割 DNA 时插入测序接头,经过 PCR 扩增等步骤就完成了...
图3 ATAC-seq的主要步骤(Sun et al., 2019)。（A）细胞核制备：在裂解缓冲液中裂解靶细胞收集细胞核。（B）转座酶反应：加入Tn5转座酶标记基因组DNA。绿色符号表示Tn5转座酶的“测序接头1”，红色符号表示Tn5转座酶的“测序接头2”。（C）PCR扩增：用PCR引物1和引物2生成测序文库。引物1和引物2是两个通用PCR...
ATAC-seq或者ChIP-seq等表观测序数据，需要比对到参考基因组并且找其峰值（peaks）并且进行基因功能元件注释或者motif注释，我们仅仅是收取一个计算机资源的费用，800-1600元人民币（根据样品数量不同收费不一样）即可，并且提供全套代码。不管是公共数据集还是你自己的实验测序数据，一样的费用！我们会代替你跑如下所示...
图3 ATAC-seq的主要步骤(Sun et al., 2019)。(A)细胞核制备:在裂解缓冲液中裂解靶细胞收集细胞核。(B)转座酶反应:加入Tn5转座酶标记基因组DNA。绿色符号表示Tn5转座酶的“测序接头1”,红色符号表示Tn5转座酶的“测序接头2”。(C)PCR扩增:用PCR引物1和引物2生成测序文库。引物1和引物2是两个通用PCR引物,它...
图3 ATAC-seq的主要步骤(Sun et al., 2019)。(A)细胞核制备:在裂解缓冲液中裂解靶细胞收集细胞核。(B)转座酶反应:加入Tn5转座酶标记基因组DNA。绿色符号表示Tn5转座酶的“测序接头1”,红色符号表示Tn5转座酶的“测序接头2”。(C)PCR扩增:用PCR引物1和引物2生成测序文库。引物1和引物2是两个通用PCR引物,它...