所以你得量好多同学的,这就是一种重复。在小鼠 atacseq 实验里也是这样。 科学家做这个实验的时候,只拿一只小老鼠来做,得到的结果可能不准。就好像你只看一片云彩,不能说所有云彩都是那个样子。所以,科学家会找好几只小老鼠来做同样的实验,这就是生物学重复。 比如说,有个科学家想知道小鼠身体里某个神秘...
PCA（Pearson correlation analysis）（图2A）显示对照组不同生物重复之间的相关系数为0.96，1-MCP处理2h组的相关系数为0.98和1-MCP处理16h组的相关系数为0.98，不同生物学重复之间具有高相关系数，这表明了该研究采样和数据的可靠性。在1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域（DAR）的火山图显示，与对照组相...
小果最近沉迷ATAC-seq,那就以ATAC-seq当例子来教大家重复样本的处理方式吧。针对ATAC-seq数据,要求必须有2次或更多次生物学重复(十分珍贵或者稀有样本除外,但必须做至少2次技术重复)。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性,实际情况并不完全与预期一致。如何评价重复样本的重复性的好坏?如何得到一致性的peaks? 上...
PCA(Pearson correlation analysis)(图2A)显示对照组不同生物重复之间的相关系数为0.96,1-MCP处理2h组的相关系数为0.98和1-MCP处理16h组的相关系数为0.98,不同生物学重复之间具有高相关系数,这表明了该研究采样和数据的可靠性。在1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域(DAR)的火山图显示,与对照组相比,1-MCP处...
ATAC-seq是一种获得大量高重复性acrs(可接近染色质区域)reads的有效方法。在此次测序结果中,CK和LT组生物学重复理想,将在三个重复中均鉴定到的转座酶高度敏感(THS)区域用于进一步分析。CK样本中997个重复的THSs,LT样本中633个,共有226个。两组样本共有的THSs分布模式相似,主要分布在远端基因间区域,其次是位于基因...
PCA(Pearson correlation analysis)(图2A)显示对照组不同生物重复之间的相关系数为0.96,1-MCP处理2h组的相关系数为0.98和1-MCP处理16h组的相关系数为0.98,不同生物学重复之间具有高相关系数,这表明了该研究采样和数据的可靠性。在1-MCP不同处理下染色质的差异可及性区域(DAR)的火山图显示,与对照组相比,1-MCP...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成串珠式的...
拟南芥、苜蓿、番茄和水稻四种物种;拟南芥有根毛无毛表皮的细胞。每个50000个细胞,每组两个生物学重复 v研究内容: 将提取的细胞核(粗核)与纯化分离的核(纯化核)进行ATAC-seq研究。无论是原始的还是完整的纯化核,ATAC-seq都可以有效地执行,并且两种情况下的数据都与DNase-seq的数据具有高度的可比性,且纯化核的有效...
首先我们从ENCODE上公布的ATAC的数据质量标准来看看关注点：1）实验需要设置至少2个生物学重复；对无法做...
Q2:重复如何选择 A:一般要求有3个生物学重复,需要客户保证样本的重复性。另外为避免重复性较差,可以采用混样后分三份的处理方式。 Q3:基因组要求 A:需要提供基因组序列文件、蛋白文件、gff文件,基因组的质量好坏会直接影响分析结果,无参考基因组则无法进行ATAC-seq分析 ...