atacseq生物学重复 给小朋友讲讲小鼠 atacseq 实验里的生物学重复那些事儿。 文档内容: 今天来聊一个超有趣的事儿——小鼠 atacseq 实验里的生物学重复。 你们知道吗,科学家们就像超级厉害的探险家,总是在探索各种神秘的东西。小鼠 atacseq 实验就是他们探索的一个奇妙旅程。这个实验,就像是在小鼠身体里找宝藏...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
小果最近沉迷ATAC-seq,那就以ATAC-seq当例子来教大家重复样本的处理方式吧。针对ATAC-seq数据,要求必须有2次或更多次生物学重复(十分珍贵或者稀有样本除外,但必须做至少2次技术重复)。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性,实际情况并不完全与预期一致。如何评价重复样本的重复性的好坏?如何得到一致性的peaks? 上...
小果最近沉迷ATAC-seq,那就以ATAC-seq当例子来教大家重复样本的处理方式吧 针对ATAC-seq数据,要求必须有2次或更多次生物学重复(十分珍贵或者稀有样本除外,但必须做至少2次技术重复)。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性,实际情况并不完全与预期一致。如何评价重复样本的重复性的好坏?如何得到一致性的peaks? 上...
低温胁迫下ATAC-seq结果概述 ATAC-seq是一种获得大量高重复性acrs(可接近染色质区域)reads的有效方法。在此次测序结果中,CK和LT组生物学重复理想,将在三个重复中均鉴定到的转座酶高度敏感(THS)区域用于进一步分析。CK样本中997个重复的THSs,LT样本中633个,共有226个。两组样本共有的THSs分布模式相似,主要分布在...
ATAC-seq是通过使用高通量测序对转座酶可接近染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。真核生物的DNA并不是裸露的,而是被包装成核小体形成串珠状结构并进一步被折叠、包装。而基因的转录...
5、ATAC-seq的重复性，比MNase-seq和DNase-seq的更强，操作起来也更加简便，而且只需要很少的细胞/组织量，同时测序信号更加好。6、单细胞测序技术是近几年研究的热点，通过对单细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等技术无法进行单细胞测序，而ATAC-seq经过实验验证是可以...
数据来自于Illumina的单端测序,长度为42bp。分别2个ChIP-seq独立的生物学重复和2个对照生物学重复,但是一共有7份数据。因为第一组ChIP-seq还有3个技术重复,第一组对照还有2个技术重复,所以是3+1+2+1=7 。他们的ChIP-seq样本在测序之前用qPCR先进行了验证。
ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
除了以上介绍的内容,关于ATAC-seq,到底是在研究什么?数据分析时,要重点关注什么呢? 首先我们从ENCODE上公布的ATAC的数据质量标准来看看关注点: 1)实验需要设置至少2个生物学重复;对无法做生物学重复的样本至少2个技术重复 2)每个实验组需要有单端测序时15 M的clean reads或者双端测序50 M clean reads; ...