很多实验室纷纷使用ATAC-seq 与 RNA-seq, 及epi-genomics的数据结合在一起分析,以达到更加准确地分析基因差异表达与调控关系的目的。 ATAC-seq的分析方法是建立在对ATAC-seq原理的理解之上的。现在很多流行的ATAC-seq分析的流程多半是直接将ChIP-seq的流程拿过来稍做甚至不做修改就直接使用在ATAC-seq上,这显然是应...
一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因进行功能分析,再结合实验...
其中包括测定染色质可及性的转座可接近的染色质测序(ATAC-seq)[9,10],DNA酶I高敏位点测序(DNase-seq)[11,12,13]和甲醛辅助隔离调控元件测序(FAIRE-seq) [14];其测量转录因子(TF)结合[15,16,17]和组蛋白修饰[18,19]的染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq); 检测核小体定位和占位[20,21]的微球菌核酸酶测序(M...
ATAC-seq，即通过测序来检测转座酶可及染色质，是一种新颖的全基因组染色质开放区域研究技术。相较于传统方法，ATAC-seq在操作简便、无需交联、信噪比高、对样品量要求低等方面具有显著优势。众多实验室开始将ATAC-seq与RNA-seq及表观遗传学数据结合，以实现更准确的基因差异表达与调控关系分析。ATAC-seq...
ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序,并使用生物信息学分析具有可及或可访问染色质的基因组区域。
ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色...
第五讲——ATAC-seq和CUT&Tag原理与分析, 视频播放量 3667、弹幕量 3、点赞数 34、投硬币枚数 25、收藏人数 175、转发人数 34, 视频作者 菲沙基因, 作者简介 以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展;,相关视频:第六讲——ATAC-seq上机操作,第
ATAC-Seq分析的核心要点 一、答案：ATAC-Seq是一种高通量测序技术，用于研究染色质的开放性状态，即哪些区域可以接触并响应转录因子等调控蛋白的调控。其分析干货主要包括以下几点：数据质量控制、峰识别与注释、染色质开放性区域的分析及基因调控网络的构建。二、详细解释：1. 数据质量控制：这是ATAC-Seq...
ATAC-seq 全称是 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing 可以理解为借助转座酶对开放染色质区域进行高通量测序。参见下面示意图,它的主要原理是 Tn5 转座酶可以对染色质开放区域DNA切割并添加测序接头,然后进行高通量测序就取得了开放染色质区域的测序数据。与其他技术比较(DNase-Seq...
ATACseq, MNaseseq and DNaseseq DNaseseq- 酶消化以从转录因子结合位点周围的开放染色质中提取信号。 MNaseseq- 酶消化以提取代表核小体定位的信号。 ATACseq- 使用转座酶并提供一种同时从单个样本的转录因子结合位点和核小体位置提取信号的方法。 3. Work ...