到这里大致的流程基本上就完成了,还有一些分析就是视情况才做的了。 参考资料 ATAC-Seq 基础分析+高级分析+多组学分析 deepTools:tools for exploring deep sequencing data Tools for making TxDb objects from genomic annotations ChIPseeker 对 ChIP-seq 数据进行注释与可视化 Peak calling with MACS2 bwa 本文参与...
序列比对后,可利用Picard和SAMtools 获取BAM文件的基本指标,包括唯一比对率,duplicated read的百分比以及片段大小分布等。 在完成基因比对后,要对ATAC-seq的数据完成两个基本的统计(ATACseqQC),1是测序片段长度分布;2是数据在转录起始位点的信号强度: i. 成功的ATAC-seq实验应生成片段大小分布图,其具有递减的和周期...
目前还没有专门为ATAC-seq开发的差异Peak分析软件。差异Peak分析首先通过寻找候选区域(共有Peak或根据bin划分的基因组),然后进行标准化,再对落在这些区域里的片段进行计数,最后在相同坐标内与其它处理条件的样本进行统计学比较。在以共有Pea...
对ATAC-seq的测序原始数据质控和序列比对的流程与其它二代测序数据标准分析流程基本相同,比如可以选择FastQC软件来可视化碱基质量得分、GC含量、序列长度分布、序列重复水平、k-mer比例是否过高以及引物二聚体和接头自连情况等。 ATAC-seq文库一般采用的是Illumina Nextera...
https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline 提供了从原始的fastq数据开到,到peak caling结束的基础分析功能,尽管缺少了下游的差异分析和motfi分析,这套流程依然值得推荐。 该流程同时支持有生物学重复和无生物学重复两种情况,对于有生物学重复的数据,分析的流程图如下 ...
从GDC下载ATAC-seq癌症特异性高峰并导入R.之后,进行食管腺癌(ESAD)与食管鳞状细胞癌(ESCC)的分析,并将结果可视化为火山图和热图。 1.3目标和目的 下载并理解ATAC-seq数据 比较两组不同的样本ATAC-seq数据 3 导入R包 # to read txt files library(readr) # to transform data into GenomicRanges library(...
Encode网站上推荐了ATAC数据分析的标准流程,可参考: ATAC-seq Data Standards and Processing Pipeline ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline 1. 安装pipeline step 1: 进入conda module loadminiconda3/38_4.9.2 source ~/***/conda.sh #可通过whereis 查找conda.sh的路径 ...
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分:数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析,下面将对各部分内容进行展开讲解。 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads,得到clean reads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软件,使用时可以用--adapter_se...
单细胞ATAC数据分析流程 一、实验准备阶段。 在进行单细胞ATAC数据分析之前,需要进行充分的准备工作。 1.样本收集与处理:首先,需要根据研究目的收集合适的细胞样本,并进行妥善的处理和保存,以确保样本的质量和完整性。 2.建库试剂准备:准备用于单细胞ATAC测序的试剂,包括酶、缓冲液等。 3.仪器设备调试:对测序仪等相...
motif富集分析 TF motifs enriched in peak clusters 结合转录组基因表达数据验证 如何直接在ggplot里添加motif images,教程 可以直接用meme-chip一步到位 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 exportPATH=/home/lizhixin/softwares/ATAC-seq-conda/anaconda3/bin:$PATH ...