ATAC 释义 abbr. Air Transport Association of Canada 加拿大航空运输公司;Air Transport Advisory Council <英国>航空运输咨询委员会;Army Tank Automotive Center 军队坦克汽车中心;Army Tank and Automotive Command 军队坦克和汽车指挥部 大小写变形:atac
单细胞ATAC测序（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing，ATAC-seq）作为一把的“分子钥匙”，正逐步揭示细胞内部那深不可测的基因调控网络。LabEx可提供 scRNA-seq/scATAC-seq服务，对同一细胞进行全基因组表观基因组分析和转录组联合分析。一、单细胞ATAC测序是什么？单细胞ATAC测序，我们首先要...
peak calling 不论是bulkATAC还是scATAC,质控完成的第一步就是peak calling。 peak calling就是识别开放性区域,通常使用的工具为MACS2分析工具(烈冰也是使用这个),当然,signac和ARCHR也是调用的这个工具。在常规的ATAC分析中,HMMRATAC(另一个软件)通过半监督隐马尔科夫模型把基因组分成高信号的活性染色质区域、中等信号...
关联思路一:ATAC-seq+转录组 确定(差异)开放区域且存在表达变化的基因 开放染色质区域通常是基因的启动子调控区域,因此将染色质开放区与基因的表达情况进行关联来确定关键的转录因子调控的关键靶基因是ATAC组学关联中最常见的研究思路。 fig4 ATAC-seq & 转录组关联分析思路 文献速递 文章题目:Influenza-trained mucosa...
ATAC-seq从来都不是用来单组学的分析的,经常需要结合RNA-seq、chip-seq等多组学进行分析。对于这种多组学的文章在后面会有计划的增加,一起学习表观遗传。 参考文献: 1、transpositionof native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, dnA-binding proteins and nucleosome position ...
ATAC测序是"转座子可访问性测序"(Assay for Transposase-Accessible Chromatin sequencing)的缩写,它通过测定基因组中的开放染色质区域来揭示基因的表达和调控情况。单细胞ATAC测序则是在单个细胞水平上进行这种测序分析。 单细胞ATAC测序的过程大致可以分为以下几个步骤,首先,单个细胞被捕获并裂解,然后通过转座酶(...
1. ATAC的实验方法 ATAC通过tn5转座酶来富集开放染色质区域的DNA序列,经PCR扩增后进行NGS测序,实验流程如下图所示 相比DNase-seq, FAIRE-seq, 该技术要求的细胞起始量低,而且文库构建耗时短,统计结果如下图所示 上图中的左侧描述了不同实验方法所需的细胞起始量,可以看到ATAC所需细胞最少,右侧描述了文库构建时间...
ATAC-seq的核心在于，通过将转座酶携带的DNA接头注入细胞核，转座酶会识别并插入开放的染色质区域。这些片段随后被加上接头，利用接头序列进行PCR扩增，从而在全基因组上捕捉到那些处于开放状态的区域。这一技术的应用广泛且深入，例如：染色质开放区域图谱绘制：揭示基因活动的热点区域，理解基因表达调控的...
最近大火的ATAC, 究竟是干什么的 ATAC全称如下 Assay for Transposase Accessible Chromatin with hight-throughput sequencing 名字很长,翻译为转座酶可及的染色质区域的高通量测序。在这个冗长的名字中,高通量测序我们一点都不陌生,NGS二代测序已经发展了这么多年,各种组学技术,比如WES, WGS, RNA_seq等等,应用非常...