~/.aspera/connect/bin/ascp -QT -l 500m -P33001 -k 1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR268/096/SRR26864896 . vim ~/.aspera/connect/ascp.sh #创建一个ascp.sh文件,直接运行sh ascp.sh SRRname srrid=$1 openssh=`realpath...
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在技能树论坛里看到有人说ascp可以下载宽带满速,就百度了一下,但是发现ncbi的正常可用,ebi的已经不能用了,所以更新一下。 ebi 千人基因组计划数据下载代码 ascp -iasperaweb_id_dsa.openssh-Tr-Q-l6M -P33001 -L- -k1 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR262/ERR262997/ERR262997_1.fastq...
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ascp-v-i~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh-k1-T-l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR949/SRR949627/SRR949627.sra~/biostar/aspera/ 5.2 ENA数据库下载 首先,ENA网址:https://www.ebi.ac.uk/,如果我搜一个SRR1296133,见下图: ...
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/share/work/biosoft/aspera/latest/cli/bin/ascp -v -k 1 -T -l 400m -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./ sra数据库可以利用ascp ENA网站搜索下载: ENA主页ENA 搜索SRR号,SRR9169172 ...
ascp-QT-l 300m-P33001-i \ $HOME/miniconda3/envs/chip/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/$x/00$y/$id/${id}.fastq.gz./done #双端测序: catSRA.list|whileread iddox=$(echo $id|cut-b1-6)y=$(echo $id|cut-b10-10)echo $id ...