ascp -QT -l 500m -P 33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR205/004/SRR2050904 . 这是下载sra。 3.开始下载; 输入命令开始下载,默认的下载路径是当前的工作目录。
ascp -QT -l 300m -P33001 -i /home/data4/zhouyaqi/miniconda/conda/envs/ascpdown/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/$x/00$y/$id/ ./ done nohup sh ascp2.sh 报错: Session Stop (Error: Session data transfer timeout (server), Session data trans...
conda create -n ascpdown sourece activate ascpdown conda install -c hcc aspera-cli=3.7.7 然后使用ascp下载数据 这里推荐使用EBI数据库下载,可以现在ncbi上搜索数据然后去ebi去找对应的数据 然后点击下面的TSV,下载完成后直接拖到子系统目录下面就行 由于拖进去的文件子系统是没有任何权限的,所以要对数据添加权...
sra数据库可以利用ascp ENA网站搜索下载: ENA主页ENA 搜索SRR号,SRR9169172 命令: /share/work/biosoft/aspera/latest/cli/bin/ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR916/002/SRR9169172/SRR9169172.fastq.gz ./ 参数说明: -v verbo...
ASCPsra 将速铂下载工具进行封装,以便高效方便地批量下载SRA测序数据。 本脚本试图将速铂进行封装,实现只需提供SRA的ID号,即可完成序列下载和转换。 参考文章:SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法。 更新信息 默认下载源更新为ENA ENA下载fastq文件实现了自动的md5校验,且通过md5校验信息,自动识别ID对应的测序文件是单端还...
1)从NCBI下载 下载单文件(不成功) ascp -QT -l 500m -P 33001 -i "C:\Users\Lenovo\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\etc\asperaweb_id_dsa.openssh" era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR108/034/SRR10899634/SRR10899634_1.fastq.gz .#...
sra数据会下载到家目录下的ncbi/public/sra中,perfetch 默认aspera下载(如果存在于环境变量,否则使用https下载),也可设置aspera,Ex:prefetch -t ascp -a "/opt/aspera/bin/ascp|/opt/aspera/bin/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file file.txt; file.txt 格式为每一行一个SRR#,可以使用下载界面的RunInfo...
首先记住,数据的存放地址是ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov,SRA在Aspera的用户名是anonftp,下载举例: 如果我想下载SRR949627.sra文件,首先我需要找到地址,去ncbi ftp-private或者ncbi faspftp,一层层寻找,直至找到,然后记下链接地址,就可以开始下载了: ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.open...
iSeq同时支持快速下载GSA/SRA/ENA的数据 一、安装Aspera Connect 安装Linux版的Aspera Connect # 上面链接是最新版,因此下载的时候去官网复制最新的链接地址下载,否则可能会报错 wget https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect_latest/v4/bin/ibm-aspera-connect-3.11.2.63-linux-g2.12-64.tar.gz tar...