我想尝试通过Pymol计算蛋白表面的静电势分布，但是打开plugins的APBS工具就出现如下问题，我尝试更新机器上...
APBS工具：绘制生物大分子表面静电势的专业工具，广泛应用于VMD、PyMOL等软件中。Chimera软件的APBS工具因其操作便捷，特别适合初学者。下面是用Chimera绘制表面静电势的步骤概述，希望能帮助您更好地学习APBS。1、下载并安装Chimera 1.11.2版本，适用于Windows7平台，获取下载链接。2、加载结构，通过"Tools...
APBS工具是一种可以绘制表面静电势的工具,目前在多个软件中均有APBS的插件,如VMD、PyMOL等,但是笔者都使用过这些工具,发现Chimera软件的APBS工具是最方便的,效果图如下所示,适合于初学者,下面我把用Chimera绘制表面静电势的流程总结如下,希望对学习APBS的初学者有所帮助。
VIsualization with PyMOL Run the APBS calculation Visualize the results Virtual reality with UnityMol Getting the software Using the software Tests and validation APBS附带测试工具和验证示例。 APBS validation and test cases Tools and utilities APBS附带了一些实用程序,旨在简化与静电计算相关的一些典型任务。
我们将对怎样在PyMOL中利用APBS由PDB文件得到结构和势能图作基本描述。 注意 本教程基于PyMOLX11Hybrid 0.99。 3.2.1.生成PQR文件 我们将以fasciculin-2(PDB ID1FAS)为例,它是一种能结合到带负电的乙酰胆碱酯酶上的蛇神经毒素。请参见Section 2.3, “由PDB文件生成PQR文件(PDB2PQR)来生成PQR文件。 在PyMOL...
APBS工具是一种可以绘制表面静电势的工具,目前在多个软件中均有APBS的插件,如VMD、PyMOL等,但是笔者都使用过这些工具,发现Chimera软件的APBS工具是最方便的,效果图如下所示,适合于初学者,下面我把用Chimera绘制表面静电势的流程总结如下,希望对学习APBS的初学者有所帮... ...
I tried in the Applications folder and inthe folder I made to surround PyMOL and it's user manual. I also notice that there is a binary ready to use for G5 on thewebsite, but where do I put this to work, and where is the psize.pyfile. I rarely work on a UNIX platform and ...
本教程基于PyMOLX11Hybrid 0.99 。 3.2.1. 生成PQR文件 我们将以fasciculin-2 (PDB ID 1FAS (http:\/\/.pdb\/pdb\/explore.do?structureId=1FAS" \t "_top))为例,它是一种能结合到带负电的乙酰胆碱酯酶上的蛇神经毒素。请参见Section 2.3, “由PDB文件生成PQR...
3.3.3.3.3.3.FAS2FAS2FAS2静电势能等势线静电势能等势线静电势能等势线(+/- KT/e)((+/- KT/e)((+/- KT/e)(在在在PyMOLPyMOLPyMOL中中中) ) ) 3.4.3.4.3.4.FAS2FAS2FAS2静电表面势能静电表面势能静电表面势能(+/- 5KT/e)((+/- 5KT/e)((+/- 5KT/e)(在在在Py...
怎样准备结构来进行静电势计算 2.1PQR 格式 2.2XML 格式 2.3 由 PDB 文件生成 PQR 文件(PDB2PQR) 3.怎样观察生物大分子周围的静电势 3.1VMD 3.2PyMOL 3.3PMV 4.怎样计算溶剂化能 4.1 极性溶剂化 4.2 非极性溶剂化 5.怎样计算结合能 5.1 溶剂化能对结合的贡献 5.2 包括库仑力贡献 5.3 不行!配体没有设置...