APBS工具是一种可以绘制表面静电势的工具,目前在多个软件中均有APBS的插件,如VMD、PyMOL等,但是笔者都使用过这些工具,发现Chimera软件的APBS工具是最方便的,效果图如下所示,适合于初学者,下面我把用Chimera绘制表面静电势的流程总结如下,希望对学习APBS的初学者有所帮助。 1、下载安装Chimera软件,这是下载地址,笔者用...
我想尝试通过Pymol计算蛋白表面的静电势分布，但是打开plugins的APBS工具就出现如下问题，我尝试更新机器上...
在PyMOL中载入生成的PQR文件(File → Open...),选择你喜欢的显示方式。 3.2.2.进行静电计算 点击Plugin → APBS Tools...打开APBS计算插件。 1.在APBS Tools窗口“Main”标签下,选择Use another PQR,然后搜索所需PQR文件(通过Choose Externally Generated PQR:按钮)或直接输入PQR文件的路径。这一步是必须的,它...
3.4.FAS2静电表面势能(+/-5KT/e)(在PyMOL中) 3.5.全溶剂化能循环 5.1.结合自由能循环 7.1.pKa摄动自由能循环原理图(file:\/\/\/D:\\APBS-1.0.0\\share\\doc\\tutorial\\index.html"\l"fig:pKa_cycle_protein#fig:pKa_cycle_protein) ...
在PyMOL 中载入生成的PQR文件 (File → Open...) ,选择你喜欢的显示方式。 3.2.2.进行静电计算 点击Plugin → APBS Tools... 打开APBS计算插件。 1. 在APBS Tools 窗口“Main ”标签下, 选择Use another PQR ,然后搜索所需PQR文件(通过Choose Externally Generated PQR: 按钮)或直接输入PQR文件的路径 。这...
我想尝试通过Pymol计算蛋白表面的静电势分布，但是打开plugins的APBS工具就出现如下问题，我尝试更新机器上...
在PyMOL 中载入生成的PQR文件(File → Open...) ,选择你喜欢的显示方式。 3.2.2.进行静电计算 点击Plugin → APBS Tools... 打开APBS计算插件。 1.在APBS Tools 窗口“Main ”标签下,选择Use another PQR ,然后搜索所需PQR 文件(通过Choose Externally Generated PQR: 按钮)或直接输入PQR文件的路径。这一步...