Q：APBS插件无法直接使用，需要额外安装什么吗？ A：需要安装几个python依赖。若未安装，安装APBS时会自动进行安装。Q：在安装过程中该如何选择？ A：您可以全选以安装所有组件，或根据需要仅选择您计划使用pymol打开的文件类型。Q：安装时可以选择下载到D盘吗？ A：建议默认下载。Q：是否需要单独安装Python？
功能:Align 插件是 PyMOL 中用于蛋白质结构比对的强大工具。它通过比较两个或多个分子结构的几何形状,计算它们之间的 RMSD 值(均方根偏差),并输出比对结果。RMSD 值是评估两个结构相似性的关键指标,对于结构生物学研究至关重要。 3. APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver) Plugin ⚡ 功能:APBS 插件用于计算...
在Debian 中使用 apt-get 安装 Pymol、APBS 和 pdb2pqr 后,可能会遇到 "UnboundLocalError: local variable 'retval' referenced before assignment" 的错误信息。 此错误是由于 Debian 预装的 APBS Tools2 插件版本过旧导致的。解决方法是: 从Github 上的Pymol-script-repo[4] 下载最新版的apbsplugin.py[5] ...
利用 APBS 和 pdb2pqr 软件可以计算蛋白质表面电荷,并使用 Pymol 的 APBS 插件进行可视化。 然而,Debian 系统自带的 APBS Tools2 插件可能存在错误。为解决此问题,推荐从 Github 上下载最新版的 APBS Tools2.1 (apbsplugin.py) 并安装,以替换旧版本插件。 除了PyMOL 之外,还有其他可视化工具和技术可用于表面电荷...
如果你需要更高级的电势计算,可以使用APBS插件。以下是使用APBS插件的步骤:确保你已经安装了APBS插件。如果没有安装,可以通过PyMOL的插件管理器进行安装。打开你的PDB文件后,在菜单栏点击“Plugin -> APBS Tool”打开APBS插件。在“Main”选项卡中,勾选“Use another PQR”选项,然后选择你已经准备好的PQR文件(该文件...
使用PyMOL打开PDB文件,在菜单栏点击“Plugin -> APBS Tool”打开APBS插件;在“Main”选项卡中,勾选“Use another PQR”选项,“Choose Externally Generated PQR”选择前面下载好的pqr文件,点击“Set grid”,然后点击“Run APBS”按钮,等待计算完成即可。可以根据自己需要对显示的电势图进行调整。
新的APBS插件面板 pymolrc脚本编辑器,支持语法高亮 属性编辑器 MPEG-4和GIF电影导出面板 Excel导出器插件(Windows和Mac) 通过文件浏览器拖动到PyMOL窗口来打开文件 组合线、非粘合线和棒/nb_spheres的导线和甘草制图表达别名 🎨 软件特色: 提供多种图像格式支持,包括PDB、SDF 结构可导出为VRML格式 支持多种图像表...
从Github 上的 Pymol-script-repo[4] 下载最新版的 apbsplugin.py[5] 文件。 在Pymol 中选择 "Plugin > Install" 安装下载的 apbsplugin.py 文件。 使用新安装的 APBS Tools2.1 插件,并将旧的 APBS Tools2 插件删除。 apbs_tools.py 插件版本过旧导致 pdb2pqr 的读取位置错误,从而引发了...
无论是python2.7还是python3.5都是最新版。请问该如何解决这个问题呢？（使用vmd打开APBS插件是可以的...
1、在APBS Tools窗口“Main”标签下,选择Use another PQR,然后搜索所需PQR文件(通过Choose Externally Generated PQR:按钮)或直接输入PQR文件的路径。 2、APBS.exe路径要按照安装的路径设:例如C:\APBS\APBS.exe。其余留空,插件自己会处理。 3、单击Set grid来进行空间格点设置。