进入官网(https://guolab.wchscu.cn/AnimalTFDB4/#/),首页简要介绍了AnimalTFDB收录内容和数据来源。分为Family、Species、Search、Predict TF、Predict TFBS、Blast六个功能模块,本期介绍Family和Species模块。 Family AnimalTFDB将动物转录因子分为六大类:Basic Domain Group、Zinc-Coordinating Group、Beta-Scaffold Fac...
在页面左侧文本框中输入目的核苷酸序列，点击文本框下方的“Submit”，右侧即显示预测结果，包括TF结合位点序列位置、评分、P value、Q value以及比对信息。P-value用来评估预测的转录因子结合位点（TFBS）的显著性，P value越小表示预测的TFBS可信度越高。Q-value用于进一步校正P-value，Q-value越小表明预测结果越可靠。
在AnimalTFDB v4.0中,我们可以通过两种方式获取转录因子/辅助因子的list,分别是通过TF Family和TF Species。 5.1 通过TF Family获取List 1️⃣ 首先点击TF Family。 2️⃣ 这个时候你就可以按照你的需要以Family为单位选择转录因子/辅助因子的list啦。 3️⃣举个栗子 这里以RFX为例,选择了RFX后,会跳转...
5. 转录因子预测 另一个比较重要的功能就是转录因子预测,这里我们点击Predict TF进行预测,在Input中输入你的蛋白序列,就可以得到结果啦。 6. 转录因子结合位点的预测 有时候我们拿到一段序列希望知道,有哪些潜在转录因子以及他们的结合位点在哪里,这个时候我们就可以用这个工具了,在Input中输入FASTA格式的序列后,就可...
另一个比较重要的功能就是转录因子预测,这里我们点击Predict TF进行预测,在Input中输入你的蛋白序列,就可以得到结果啦。😁 6转录因子结合位点的预测 有时候我们拿到一段序列希望知道,有哪些潜在转录因子以及他们的结合位点在哪里,这个时候我们就可以用这个工具了,在Input中输入FASTA格式的序列后,就可以得到结果啦。👇...
进入官网(https://guolab.wchscu.cn/AnimalTFDB4/#/),首页简要介绍了AnimalTFDB收录内容和数据来源。分为Family、Species、Search、Predict TF、Predict TFBS、Blast六个功能模块,本期介绍Family和Species模块。 Family AnimalTFDB将动物转录因子分为六大类:Basic Domain Group、Zinc-Coordinating Group、Beta-Scaffold Fac...
转录因子(Transcription factor,TF)是指能够结合在某个基因上游特异DNA序列上的蛋白质,这些蛋白质能调控其基因的转录。😘 我们常用的转录因子数据库有很多,以后我们会专门出一期介绍一下常用的数据库有哪些。🤗 今天我们介绍一下刚刚更新的AnimalTFDB v4.0,地址如下:👇 ...
Predict TF 该模块可以从提供的蛋白质序列中预测转录因子。在页面左侧文本框中输入目的蛋白质序列,网站默认显示示例,输入格式可参考示例。一次可上传多条序列,点击文本框下方的“Submit”,右侧即显示预测结果,包括蛋白质序列中识别到的转录因子所属家族、全长和结构域的“E-value”值。“E-value”被用来确定转录因子...
什么是转录因子:在分子生物学中,转录因子(英语:Transcription factor,缩写为TF)是指能够结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质[1][2];它包含一个或多个DNA结合域(DNA-binding domain, DBDs)。 转录因子的作用:转录因子一般有不同的功能区域,如DNA结合结构域与效应结构域。转录因子不单与基因上游的启动子区域...
转录因子(Transcription factor,TF)是一类能够以序列特异性方式结合DNA并对基因转录起关键调控作用的蛋白质,在各种生物过程和疾病发生中起非常关键的作用。鉴定、分类和注释转录因子以及分析转录因子的调控和功能等一直是研究的热点和基础,它们在生物体内形成一套指导基因表达的复杂系统引得众多科学家浓厚的研究兴趣。