AnimalTFDB是一个全面的数据库,有经过鉴定、分类和注释的183个物种全基因组水平的274633个转录因子基因和150726个转录辅助因子基因,并将转录因子分为73个家族,转录辅助因子分为82个家族。 进入官网(https://guolab.wchscu.cn/AnimalTFDB4/#/),首页简要介绍了AnimalTFDB收录内容和数据来源。分为Fam
上期介绍了AnimalTFDB Family和Species两个模块的使用方法，本期将继续介绍其余四个模块的使用方法。Search 该模块提供了多种的搜索方式，从左至右分别为（1）按基因基础信息搜索：可输入Ensembl ID、Entrez ID或基因名称等信息，选择物种进行搜索；（2）按基因mRNA表达量搜索：数据来源TCGA，选择感兴趣的癌症搜索符合条...
AnimalTFDB v4.0数据库结合欧易转录组分析结果使用:对于该网站包含的物种(可通过首页的TF species下载检索),可以基于我们常规分析结果中的基因id/序列在线预测/检索该基因的TF和TFBS,之后通过欧易云平台中的网络图交互工具(https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/interactive_network/)构建gene和TF之间的调控网络。 ...
9引用数据库😉 🌟如何引用:👇 Shen WK, Chen SY, Gan ZQ, et al. AnimalTFDB 4.0: a comprehensive animal transcription factor database updated with variation and expression annotations [published online ahead of print, 2022 Oct 21]. Nucleic Acids Res. 2022;gkac907. doi:10.1093/nar/gkac90...
AnimalTFDB是一个专注于转录因子研究的数据库,涵盖了183个动物基因组中的转录因子和转录辅因子。转录因子是具有DNA结合能力的蛋白质,能够调控基因转录。它们识别的特定DNA序列位点被称为转录因子结合位点(TFBS)。在AnimalTFDB V4.0版本中,共收录了27万个转录因子,根据其DNA结合域被划分为73个家族和6大类。此外,还有...
动物转录因子数据库AnimalTFDB4.0(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB4/#/)对97个动物基因组的转录因子(Transcription Factor)和转录辅助因子(Transcription cofactor)进行了归纳整理。基于DNA结合结构域,将动物转录因子分成了73个基因家族,将转录辅助因子分成了83个基因家族。此外,动物转录因子分为六大类(...
📍http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB4/?#/ 2AnimalTFDB v4.0 概述 AnimalTFDB一直是我最喜欢的转录因子数据库之一,非常全面,包括183个物种的全基因组转录因子和转录辅助因子(transcription cofactors)的分类和注释。 本次更新后,AnimalTFDB共有27万个TFs,根据它们的DNA结合域(DNA-binding domain,DBD)...
1. AnimalTFDB v4.0:AnimalTFDB是一个综合数据库,包括183种动物基因组中全基因组转录因子(TF)和转录辅因子的分类和注释。在AnimalTFDB v4.0中,总共包含27万个转录因子,根据它们的DNA结合域(DBD),进一步分为73个家族和六大类。同时,还有15万个转录辅因子,分为82个家族和六大类。AnimalTFDB提供关于动物转录因子和...
上期介绍了AnimalTFDB Family和Species两个模块的使用方法,本期将继续介绍其余四个模块的使用方法。 Search 该模块提供了多种的搜索方式,从左至右分别为(1)按基因基础信息搜索:可输入Ensembl ID、Entrez ID或基因名称等信息,选择物种进行搜索;(2)按基因mRNA表达量搜索:数据来源TCGA,选择感兴趣的癌症搜索符合条件的基...
AnimalTFDB是一个全面的数据库,有经过鉴定、分类和注释的183个物种全基因组水平的274633个转录因子基因和150726个转录辅助因子基因,并将转录因子分为73个家族,转录辅助因子分为82个家族。 进入官网(https://guolab.wchscu.cn/AnimalTFDB4/#/),首页简要介绍了AnimalTFDB收录内容和数据来源。分为Family、Species、Sear...