AnimalTFDB是一个全面的数据库,有经过鉴定、分类和注释的183个物种全基因组水平的274633个转录因子基因和150726个转录辅助因子基因,并将转录因子分为73个家族,转录辅助因子分为82个家族。 进入官网(https://guolab.wchscu.cn/AnimalTFDB4/#/),首页简要介绍了AnimalTFDB收录内容和数据来源。分为Family、Species、Sear...
Blast 该模块可用于查询同源基因和探索研究较少的转录因子的功能。在页面左侧文本框选择BLAST程序和物种，设置E value值，根据选择的BLAST程序输入DNA或蛋白质序列，点击“Submit”，右侧文本框即显示可比对上的基因，包括基因长度、E value值和详细的序列比对结果。以上就是AnimalTFDB使用方法的全部内容，下期将开始介绍...
Shen WK, Chen SY, Gan ZQ, et al. AnimalTFDB 4.0: a comprehensive animal transcription factor database updated with variation and expression annotations [published online ahead of print, 2022 Oct 21]. Nucleic Acids Res. 2022;gkac907. doi:10.1093/nar/gkac907 最后祝大家早日不卷!~...
在页面左侧文本框选择BLAST程序和物种,设置E value值,根据选择的BLAST程序输入DNA或蛋白质序列,点击“Submit”,右侧文本框即显示可比对上的基因,包括基因长度、E value值和详细的序列比对结果。 以上就是AnimalTFDB使用方法的全部内容,下期将开始介绍研究非编码RNA常用网站,感兴趣的小伙伴可以留意一下哦~ 汉恒专营工具...
上期介绍了AnimalTFDB Family和Species两个模块的使用方法,本期将继续介绍其余四个模块的使用方法。 Search 该模块提供了多种的搜索方式,从左至右分别为(1)按基因基础信息搜索:可输入Ensembl ID、Entrez ID或基因名称等信息,选择物种进行搜索;(2)按基因mRNA表达量搜索:数据来源TCGA,选择感兴趣的癌症搜索符合条件的基...
AnimalTFDB是一个专注于转录因子研究的数据库,涵盖了183个动物基因组中的转录因子和转录辅因子。转录因子是具有DNA结合能力的蛋白质,能够调控基因转录。它们识别的特定DNA序列位点被称为转录因子结合位点(TFBS)。在AnimalTFDB V4.0版本中,共收录了27万个转录因子,根据其DNA结合域被划分为73个家族和6大类。此外,还有...
2. AnimalTFDB v4.0 概述 AnimalTFDB一直是我最喜欢的转录因子数据库之一,非常全面,包括183个物种的全基因组转录因子和转录辅助因子(transcription cofactors)的分类和注释。 本次更新后,AnimalTFDB共有27万个TFs,根据它们的DNA结合域(DNA-binding domain,DBD)被进一步分为73个家族和6个类别。
上期介绍了AnimalTFDB Family和Species两个模块的使用方法,本期将继续介绍其余四个模块的使用方法。 Search 该模块提供了多种的搜索方式,从左至右分别为(1)按基因基础信息搜索:可输入Ensembl ID、Entrez ID或基因名称等信息,选择物种进行搜索;(2)按基因mRNA表达量搜索:数据来源TCGA,选择感兴趣的癌症搜索符合条件的基...
上期介绍了AnimalTFDB Family和Species两个模块的使用方法,本期将继续介绍其余四个模块的使用方法。 Search 该模块提供了多种的搜索方式,从左至右分别为(1)按基因基础信息搜索:可输入Ensembl ID、Entrez ID或基因名称等信息,选择物种进行搜索;(2)按基因mRNA表达量搜索:数据来源TCGA,选择感兴趣的癌症搜索符合...
AnimalTFDB是一个全面的数据库,有经过鉴定、分类和注释的183个物种全基因组水平的274633个转录因子基因和150726个转录辅助因子基因,并将转录因子分为73个家族,转录辅助因子分为82个家族。 进入官网(https://guolab.wchscu.cn/AnimalTFDB4/#/),首页简要介绍了AnimalTFDB收录内容和数据来源。分为Family、Species、Sear...