目标文件是一个参数文件,包含了使用ADFR和ADCP进行Docking所需要的一切参数信息,可以很容易地通过AGFR模块生成。AGFR是Autodock中专门用于计算生成affinity map和定义对接口袋的模块AutoGridFR的简称,它可以通过命令行或者图形界面来使用。 agfr -r 3q47_recH.pdbqt -l 3q47_pepH.pdbqt -asv 1.1 -o 3q47 其...
深入解析：ADCP蛋白-多肽对接教程 ADCP是AuckDock家族中的璀璨明珠，它巧妙融合了蛋白质折叠的精妙与刚性受体计算的力量。2020年的评估数据证实，它在蛋白与多肽的对接领域独占鳌头，特别对短肽链的精准匹配。本文将带您领略如何利用ADFR suite这一卓越工具，一步步构建并优化PDBQT文件，以实现高效对接。首先...
ADCP是一款用于多肽对接的软件,通过改进的Metropolis Monte Carlo搜索策略,能够高效地对线性肽和环肽进行对接。它利用AutoDock的亲和力图来表示受体产生的能量景观,从而生成多肽的对接姿势。ADCP在处理环肽对接时表现出色,特别是在主链环化和侧链二硫键环化的复合物结构中,对接成功率较高。这款软件在药物环肽的开发和相互...