3. 多肽的对接 使用上一步产生的trg文件作为输入文件,进行Docking计算。 adcp -t 3q47.trg -s npisdvd -N 50 -n 2500000 -o 3q47_redocking -ref 3q47_pepH.pdb adcp将默认检测计算机可使用的核数,并全部用于进行50个独立的构象搜索(-N 50),每一个都使用了多达2,500,000次的评分函数进行评估(-n...
在"affinity maps"部分，我们处理所有原子类型，生成至关重要的trg文件，其中包含系统的详细信息。这个文件将驱动多肽Docking的实际执行，adcp在此过程中进行构象搜索，推荐进行100次独立的随机搜索以提高结果的多样性和可靠性。ADCP的Docking过程可能会耗费一定时间，但官方建议的耐心等待是值得的。当搜索结束，...