目标文件是一个参数文件,包含了使用ADFR和ADCP进行Docking所需要的一切参数信息,可以很容易地通过AGFR模块生成。AGFR是Autodock中专门用于计算生成affinity map和定义对接口袋的模块AutoGridFR的简称,它可以通过命令行或者图形界面来使用。 agfr -r 3q47_recH.pdbqt -l 3q47_pepH.pdbqt -asv 1.1 -o 3q47 其...
在"affinity maps"部分，我们处理所有原子类型，生成至关重要的trg文件，其中包含系统的详细信息。这个文件将驱动多肽Docking的实际执行，