一、ACPYPE简介 ACPYPE是一个基于Python的工具,它将Amber力场参数转化为GROMACS和CHARMM力场所需的格式。它还可以将pdb、mol2和prep文件转换为Amber力场所需的格式。ACPYPE可以自动生成分子力场所需的拓扑文件和参数文件,极大地方便了分子模拟的操作。 二、ACPYPE的安装 要使用ACPYPE,首先需要安装Python。然后,可以通过pip...
1、 下载acpype,在github上下载到本地,如下链接。 https://github.com/t-/acpype 2、 解压之后上传到linux系统自己目录里。 3、 进入这个目录之后,为acpype.py添加可执行权限。 chmod+xacpype.py 4、 使用下面命令打开bashrc文件,添加环境变量。 vi~/.bashrc 添加的内容为: exportPATH=/yourpath/acpype-master...
使用ACPYPE生成GROMACS拓扑文件是一个常见的任务,以下是详细的步骤和注意事项,帮助你顺利完成这一任务: 1. 确定ACPYPE工具已经正确安装并可用 首先,确保你的系统上已经安装了ACPYPE工具。ACPYPE是一个Python脚本,它依赖于AmberTools。你可以通过以下命令来检查ACPYPE是否已安装: bash acpype --version 如果未安装,你需要...
ACPYPE 是一款用于计算化学的软件,它能够通过量子化学方法来模拟分子的结构和性质。在计算化学领域,拓扑结构参数是一种重要的参数,用于描述分子的形状和结构。 2.生成拓扑结构参数的目的 生成拓扑结构参数的目的是为了更好地理解分子的性质和行为。这些参数能够提供关于分子形状、键长、键角等方面的信息,对于研究分子的反...
安装完成之后输入:acpype 提示下图即安装成功: 4.使用acpype 当使用conda方法同时安装ambertools和acpype之后,acpype会自动调用ambertools,生成GROMACS的top、itp文件。 1) acpype可以支持SMILES格式输入,如生成一个C4H6分子: acpype-i CCCC 运行完成会生成一个smiles_molecule.acpype文件夹,里面即为生成的gro文件和itp文件...
这需要具备C、C++、Fortran90编译器的基础知识，本文不再赘述。2. 使用conda安装Ambertools23 完成安装后，输入"antechamber"并回车，若出现相应界面，则表示安装成功。3. 使用conda安装acpype 安装版本为v. 2022.6.6，完成安装后，输入"acpype"并回车，如出现特定提示信息，则表示安装成功。
Ambertools和acpype常常连用来构建小分子或者非标准残基的拓扑文件。该文中的安装方法仅适用于linux系统或者windows子系统。 miniconda3安装(无脑安装) mkdir -p ~/miniconda3#在home目录下新建miniconda3文件夹wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda...
acpype -i ligand.mol2 -a amber2 -c user -d 报错如下：[root@192 CXCL8_5d]# acpype -i ...
我正在学习分子模拟。在采用acpype.py文件计算时遇到命令错误如下：[root@localhost RBD2mer]# chmod +x...
安装acpype option 1:pip install acpype option 2:conda install -c acpype acpype 安装ambertools20 官网: http://ambermd.org/AmberTools.php option 1:直接官网下载安装 option 2:conda install -c conda-forge ambertools 使用: In : 代码语言:javascript ...