一、ACPYPE简介 ACPYPE是一个基于Python的工具,它将Amber力场参数转化为GROMACS和CHARMM力场所需的格式。它还可以将pdb、mol2和prep文件转换为Amber力场所需的格式。ACPYPE可以自动生成分子力场所需的拓扑文件和参数文件,极大地方便了分子模拟的操作。 二、ACPYPE的安装 要使用ACPYPE,首先需要安装Python。然后,可以通过pip...
1、 下载acpype,在github上下载到本地,如下链接。 https://github.com/t-/acpype 2、 解压之后上传到linux系统自己目录里。 3、 进入这个目录之后,为acpype.py添加可执行权限。 chmod+xacpype.py 4、 使用下面命令打开bashrc文件,添加环境变量。 vi~/.bashrc 添加的内容为: exportPATH=/yourpath/acpype-master...
3.ACPYPE 生成拓扑结构参数的方法与流程 ACPYE 通过其内置的模块和功能,可以方便地生成拓扑结构参数。具体步骤如下: (1)准备输入数据:首先需要提供晶体结构的坐标文件,该文件包含原子坐标信息。 (2)运行 ACPYE 程序:在终端或命令行中输入 ACPYE 命令,加载晶体结构坐标文件,生成拓扑结构参数。 (3)分析结果:ACPYE...
acpype是一款用于自动化生成分子力场参数的工具,它可以将分子结构转化为各种常用力场的拓扑文件,为后续的模拟计算提供了便利。 acpype可以自动识别输入分子的文件格式,包括pdb、mol2和xyz等常见格式。用户只需提供分子结构文件,acpype就能够根据文件中的原子类型和键信息自动生成拓扑文件。这样,就不需要手动编写拓扑文件,大...
安装完成之后输入:acpype 提示下图即安装成功: 4.使用acpype 当使用conda方法同时安装ambertools和acpype之后,acpype会自动调用ambertools,生成GROMACS的top、itp文件。 1) acpype可以支持SMILES格式输入,如生成一个C4H6分子: acpype-i CCCC 运行完成会生成一个smiles_molecule.acpype文件夹,里面即为生成的gro文件和itp文件...
这需要具备C、C++、Fortran90编译器的基础知识，本文不再赘述。2. 使用conda安装Ambertools23 完成安装后，输入"antechamber"并回车，若出现相应界面，则表示安装成功。3. 使用conda安装acpype 安装版本为v. 2022.6.6，完成安装后，输入"acpype"并回车，如出现特定提示信息，则表示安装成功。
Ambertools和acpype常常连用来构建小分子或者非标准残基的拓扑文件。该文中的安装方法仅适用于linux系统或者windows子系统。 miniconda3安装(无脑安装) mkdir -p ~/miniconda3#在home目录下新建miniconda3文件夹wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda...
acpype -i ligand.mol2 -a amber2 -c user -d 报错如下：[root@192 CXCL8_5d]# acpype -i ...
简介:Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装ACPYPE ACPYPE,基于Python的工具,使用Antechamber生成化学化合物的拓扑,并提供python与其他应用程序的接口。 将AMBER力场文件转换为GROMACS的拓扑文件。 acpype安装包下载 acpype安装 复制acpype文件夹至amber安装文件夹下; ...
使用 acpype 结合 Amber > 20 版本生成 Gromacs 拓扑时，可能出现找不到“mopac.sh”的报错。问题在于代码中判断 Amber 版本的逻辑。代码中判断逻辑是基于可执行文件路径的，旧版使用“mopac”，新版则使用“sqm”。关键在于 `self.acExe` 变量，它指代 antechamber 可执行文件的路径。代码通过判断 `...