Acpype安装 在使用AmberTools工具生成Gromacs的top文件时候,需要调用acpype转换。下面介绍其安装方法。 1、 下载acpype,在github上下载到本地,如下链接。 https://github.com/t-/acpype 2、 解压之后上传到linux系统自己目录里。 3、 进入这个目录之后,为acpype.py添加可执行权限。 chmod+xacpype.py 4、 使用下面命...
直接在刚才创建的ambertools环境下,输入下面命令: condainstall -c conda-forge acpype 目前安装的是2022.1.3版本 安装完成之后输入:acpype 提示下图即安装成功: 4.使用acpype 当使用conda方法同时安装ambertools和acpype之后,acpype会自动调用ambertools,生成GROMACS的top、itp文件。 1) acpype可以支持SMILES格式输入,如生...
2. conda安装Ambertools23 conda install -c conda-forge ambertools=23 结束后提示以下内容: 测试是否安装成功,输入antechamber并回车,出现下面的界面则代表成功: 3. conda安装acpype 安装版本为 v. 2022.6.6 conda install -c conda-forge acpype 测试安装成功与否,输入acpype并回车,出现以下的提示则安装成功:...
要使用ACPYPE,首先需要安装Python。然后,可以通过pip命令来安装ACPYPE。打开终端或命令提示符,输入以下命令即可安装ACPYPE: pip install acpype 安装完成后,即可开始使用ACPYPE。 三、ACPYPE的使用方法 1. 将pdb文件转换为Amber格式 使用以下命令将pdb文件转换为Amber格式: acpype -i input.pdb -o output 其中,input.pd...
Ambertools与acpype常用于构建小分子或非标准残基的拓扑文件，本文的安装指南适用于Linux系统或Windows子系统。对于使用GROMACS的用户而言，conda提供的Ambertools版本足以满足日常需求，安装过程简便，因此未选择手动编译安装。若需安装并行版本或GPU加速版的amber，需自行下载源码并手动编译，这需要具备C、C++、...
简介:Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装ACPYPE ACPYPE,基于Python的工具,使用Antechamber生成化学化合物的拓扑,并提供python与其他应用程序的接口。 将AMBER力场文件转换为GROMACS的拓扑文件。 acpype安装包下载 acpype安装 复制acpype文件夹至amber安装文件夹下; ...
装个vmware虚拟机，照常安装ambertools就完了。ambertools安装流程搜论坛 VMware 15中安装CentOS 7.6 ...
装个vmware虚拟机，照常安装ambertools就完了。ambertools安装流程搜论坛 VMware 15中安装CentOS 7.6 ...