Acpype安装 在使用AmberTools工具生成Gromacs的top文件时候,需要调用acpype转换。下面介绍其安装方法。 1、 下载acpype,在github上下载到本地,如下链接。 https://github.com/t-/acpype 2、 解压之后上传到linux系统自己目录里。 3、 进入这个目录之后,为acpype.py添加可执行权限。 chmod+xacpype.py 4、 使用下面命...
直接在刚才创建的ambertools环境下,输入下面命令: condainstall -c conda-forge acpype 目前安装的是2022.1.3版本 安装完成之后输入:acpype 提示下图即安装成功: 4.使用acpype 当使用conda方法同时安装ambertools和acpype之后,acpype会自动调用ambertools,生成GROMACS的top、itp文件。 1) acpype可以支持SMILES格式输入,如生...
2. conda安装Ambertools23 conda install -c conda-forge ambertools=23 结束后提示以下内容: 测试是否安装成功,输入antechamber并回车,出现下面的界面则代表成功: 3. conda安装acpype 安装版本为 v. 2022.6.6 conda install -c conda-forge acpype 测试安装成功与否,输入acpype并回车,出现以下的提示则安装成功:...
完成安装后，输入"antechamber"并回车，若出现相应界面，则表示安装成功。3. 使用conda安装acpype 安装版本为v. 2022.6.6，完成安装后，输入"acpype"并回车，如出现特定提示信息，则表示安装成功。
要使用ACPYPE,首先需要安装Python。然后,可以通过pip命令来安装ACPYPE。打开终端或命令提示符,输入以下命令即可安装ACPYPE: pip install acpype 安装完成后,即可开始使用ACPYPE。 三、ACPYPE的使用方法 1. 将pdb文件转换为Amber格式 使用以下命令将pdb文件转换为Amber格式: acpype -i input.pdb -o output 其中,input.pd...
装个vmware虚拟机，照常安装ambertools就完了。ambertools安装流程搜论坛 VMware 15中安装CentOS 7.6 ...
装个vmware虚拟机，照常安装ambertools就完了。ambertools安装流程搜论坛 VMware 15中安装CentOS 7.6 ...