pip install acpype 安装完成后,即可开始使用ACPYPE。 三、ACPYPE的使用方法 1. 将pdb文件转换为Amber格式 使用以下命令将pdb文件转换为Amber格式: acpype -i input.pdb -o output 其中,input.pdb为待转换的pdb文件,output为输出文件名。转换完成后,会生成一个output.acpype文件,其中包含了Amber力场所需的拓扑文件和...
安装版本为 v. 2022.6.6 conda install -c conda-forge acpype 测试安装成功与否,输入acpype并回车,出现以下的提示则安装成功:
使用下面命令安装AmberTools: condainstall -c conda-forge ambertools compiler 目前来说,默认安装的是AmberTools21版本,若想用22版本,可以使用下面命令: condainstall -c conda-forge ambertools=22compiler 不过该版本要求系统需要有一些高版本的库,可能会安装不上。 等系统安装完成,会提示如下图所示内容: 输入antec...
option 1:直接官网下载安装 option 2:conda install -c conda-forge ambertools 使用: In : 代码语言:javascript 复制 acpype-help Out: 代码语言:javascript 复制 usage:acpype-i _file_[-c _string_][-n _int_][-m _int_][-a _string_][-f]etc.or acpype-p _prmtop_-x _inpcrd_[-d]output:...
pip install acpype is enough and you should have a complete solution. Oterwise ... (Make sure you have AmberTools and, optionally but highly recommended, OpenBabel) # You can use conda to get the needed 3rd parties for example conda create -n acpype --channel conda-forge ambertools open...
curl -sSL https://install.python-poetry.org | python3 - conda create -n acpype python=3.9 ambertools openbabel ocl-icd-system ipython gromacs=2019.1 -y # ocl-icd-system: case you have GPU conda activate acpype Setting ACPYPE git clone https://github.com/alanwilter/acpype.git cd acpype ...
InstallGROMACS. Something like: sudo apt-get install gromacs# if you use Ubuntu Linux, or fink install gromacs# if you use Mac should do the trick. GettingffAMBER If you are installing GMX 4.5.x, you don't need ffAMBER. For GMX 4.0.x fetch the appropriate version of ffAMBER. Got it...