连接的脂肪族氨基允许NHS生物素试剂的化学连接,以选择性富集和分析含hmC的DNA。 5.2 束缚寡核苷酸引物测序(Tethered Oligonucleotide-Primed Sequencing, TOP-Seq) 为了将基于富集方法提供的分辨率极限从200-500 bp提高到单核苷酸水平,提出了一种称为TOP-seq(Tethered Oligonucleotide-Primed sequencing,束缚寡核苷酸引物测序...
因此,分析基因组的5mC和5hmC水平具有重要的临床意义。 WGBS(Whole-genome bisulfite sequencing)被视为甲基化测序的“金标准”,主要检测5mC和5hmC两种修饰形式。在此基础上衍生出了的一些方法用来区分5mC和5hmC,比如氧化亚硫酸氢盐测序(oxBS-seq)被用于5mC特异性测序,以及TET辅助的重亚硫酸盐测序(TAB-seq)特异性...
van Oudenaarden, Single-cell 5hmC sequencing reveals chromosome-wide cell-to-cell variability and enables lineage reconstruction. Nat. Biotechnol. 34, 852-856 (2016).D. Mooijman, S. S. Dey, J. C. Boisset, N. Crosetto, A. van Oudenaarden, Single-cell 5hmC sequencing reveals chromosome-...
ACE-seq在本研究中的作用 ACE-seq(amplicon APOBEC-coupled epigenetic sequencing)在本研究中用于确定HCT116细胞中与Septin9和SDC2相关的5hmC信息,以及EGFR基因片段的5hmC状态。这些信息对于选择特定的DNA片段进行EDD-5hmC分析至关重要,确保研究中所使用的DNA片段具有高DNA甲基化富集区域,与结直肠癌(CRC)强相关。通过...
APOBEC-coupled epigenetic sequencing(ACE-seq)技术是一种全新的鉴定5hmC的方法。DNA脱氨酶APOBEC3A(A3A)能够特异地脱去C及5mC的氨基使其变为U,而5hmC则因为不被该酶识别,测序时仍被识别为C。该技术利用该酶的这种特性,特异性地检测基因组上发生的5hmC修饰。ACE-seq原理示意如下: ...
ACE-seq(amplicon APOBEC-coupled epigenetic sequencing)在本研究中用于确定HCT116细胞中与Septin9和SDC2相关的5hmC信息,以及EGFR基因片段的5hmC状态。这些信息对于选择特定的DNA片段进行EDD-5hmC分析至关重要,确保研究中所使用的DNA片段具有高DNA甲基化富集区域,与结直肠癌(CRC)强相关。通过ACE-seq获得的数据为EDD-5...
5.2 束缚寡核苷酸引物测序(Tethered Oligonucleotide-Primed Sequencing, TOP-Seq) 为了将基于富集方法提供的分辨率极限从200-500 bp提高到单核苷酸水平,提出了一种称为TOP-seq(Tethered Oligonucleotide-Primed sequencing,束缚寡核苷酸引物测序)的方法(图7b)。该方法的显著特征是,DNA寡核苷酸被共价连接而不是生物素基团,...
APOBEC-coupled epigenetic sequencing(ACE-seq)技术是一种全新的鉴定5hmC的方法。DNA脱氨酶APOBEC3A(A3A)能够特异地脱去C及5mC的氨基使其变为U,而5hmC则因为不被该酶识别,测序时仍被识别为C。该技术利用该酶的这种特性,特异性地检测基因组上发生的5hmC修饰。ACE-seq原理示意如下: ...
APOBEC-coupled epigenetic sequencing(ACE-seq)技术是一种全新的鉴定5hmC的方法。DNA脱氨酶APOBEC3A(A3A)能够特异地脱去C及5mC的氨基使其变为U,而5hmC则因为不被该酶识别,测序时仍被识别为C。该技术利用该酶的这种特性,特异性地检测基因组上发生的5hmC修饰。ACE-seq原理示意如下: ...
英国巴斯大学生命科学系(Department of Life Sciences, University of Bath)的研究人员 Dominic Oliver Halliwell、Floris Honig 等人在《Communications Biology》期刊上发表了题为 “Double and single stranded detection of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine with nanopore sequencing” 的论文。这篇论文在 DNA...