BLAST是由NCBI开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序,它将DNA/蛋白质序列与公开数据库所有序列进行匹配比对,从而找到相似序列。 序列相似性比较是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较,用于确定该序列的生物属性,也就是找出与此序列相似的已知序列。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAS...
在搜索结果中,可以选择“比对”或“BLAST”选项进行序列比对和搜索。 BLAST主要程序包括打开blast、输入比对序列及参数、BLAST结果分析等步骤。一般评价一个blast结果的标准主要有三项,E值(Expect)、一致性(Identities)、缺失或插入(Gaps)。Score、Expect、Identities和Gaps是评价BLAST结果的重要指标,可以帮助我们了解序列的...
应用 怎样进行序列比对? 算法、程序 五、局部序列比对的工具 FASTA BLAST NCBI-BLAST Basic Local Alignment Search Tool 基本局部比对搜索工具(1990) The BLAST algorithm is fast, accurate, and web-accessible. (教材 Page 74) 一、BLAST搜索的基本步骤 1. 选择一个BLAST搜索类型 2. 输入你要查询的序列 3....
PHI-BLAST 和 PSI-BLAST 不同,PSI-BLAST 是撒大网搜索,而 PHI-BLAST 则是精准搜索。PHI 是 Pattern-Hit Initiated 首字母缩写,中文是模式识别。PHI-BLAST 能找到与输入序列相似的并符合某种特征模式的蛋白质序列。模式 Pattern 是对特征的描述。比如发生 N 糖基化位点的序列都符合这样一个特定的模式:发生糖基化...
算法、程序算法、程序一、序列比对(一、序列比对(alignmentalignment)的概念、目的)的概念、目的 比对比对((联配联配))将两条或多条(核苷酸或氨基酸)序列排将两条或多条(核苷酸或氨基酸)序列排列在一起,通过一定的列在一起,通过一定的算法算法找出序列之间找出序列之间最大最大相似性相似性匹配的过程。匹配的过程...
1. BLAST算法简介 动态规划算法如生物信息学(1)与生物信息学(2)两篇提到的NW与SW算法肯定能得到最优解(最优分为全局最优与局部最优),但是要计算一个庞大的得分矩阵。随着序列的增长,复杂度会平方级别的升高。因此,时间开销和空间开销就会很大。动态规划需要计算出(seq1+1)×(seq2+1)大小的矩阵,但绝大多数...
利用Blast进行核酸序列比对的时候,两个序列之间的分值越大,表明这两个序列之间相似度越高。() A. 正确 B. 错误 查看完整题目与答案 当员工“职业化程度高”时,对于领导的替代和中和情况是什么? A. 对于支持型领导是一种中和 B. 对于指导型领导是一种中和 C. 对于支持型领导是一种替代 D. 对于指...
单项选择题关于序列比对程序BLAST,下列说法不正确的是? A.Blast可以帮助确定蛋白质序列的保守区域 B.Blast能比对两个药物分子的理化性质 C.Blast可比对多个蛋白质序列的同源性 D.Blast能分析两条不同序列之间的同源性 点击查看答案 广告位招租 联系QQ:5245112(WX同号) ...
Identities 一致性,就是两个序列有多少是一样的 Query 代表输入序列 Subjct 代表数据库中的序列 结果详细说明 菜单与基本信息 NCBI Blast结果-菜单与基本信息 1.下一步操作的菜单,你可以调整参数,重新比对、保存你的搜索条件以便下次比对、调整报告显示的参数,以更符合你的要求、下载你比对的结果;...
可采用 ITS4/ITS5 通用引物扩增 ITS 序列,以该菌基因组为模板,通过通用引物 ITS4:5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’ ITS5:5’-GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG-3’ 扩增 ITS4/ITS5 序列,然后测序,(建立系统发育树)把结果拿到 NCBI 上在 GenBank 里进行 Blast 序列比对看与哪类真菌最接近,如果没有则为新的 菌种...