进行 RNA-seq 来比较 pCAGGS-HA-A5L 转染的 293T 细胞和 pCAGGS-HA(空载体)转染的 293T 细胞在 24 小时内的基因表达谱。 从每组中随机选择三个样本来制备RNA-seq文库。使用 Trizol 试剂从每个样品中提取总 RNA。 使用 NanoDrop 分光光度计和 Agilent 2100 生物分析仪评估总 RNA 的质量和数量。 随后,使用...
Exosomes from HEK293T cells small RNA-seq readsShurtleff, Matthew JKarfilis, Kate VTemocheDiaz, Morayma MRi, SayakaSchekman, Randy
RIG-I是机体的一种模式识别受体,能够识别胞质中的含5′-三磷酸基团的RNA,并通过与下游信号分子MAVS相互作用,激活IRF3/7和NF-κB,从而启动I型干扰素和炎性因子的表达。已有研究表明,B型流感病毒(IBV)在感染早期能够上调RIG-I的表达...
此外,本文报道的细胞系特异性基因组序列也将有利于解释RNA-seq和利用这些细胞的蛋白质组学实验。293细胞已经在不同的实验室中培养了几十年,这很可能导致了不同的渐进基因组结构改变。这可能是从293细胞系(和许多其他细胞系)的实验中得出的有时不同的结论的基础。所有在这里测序的细胞系都可供研究团体使用。根据...
In this study, RNA-Seq data obtained from single HEK293T cells have been used to analyze expressions and functions of heterogeneous circRNA profiles. The enrichment patterns of circRNAs, interactions with miRNAs and pathways such as ErbB signaling pathway and protein processing in endoplasmic reticulum...
4、步骤一:从ncbi网站上查找大t抗原序列,根据大t抗原序列进行基因合成并引入同源重组臂,得到成片段;合成片段的序列如seq id no2所示。 5、步骤二:将pires-neo3质粒使用ecorv和bamhi限制性内切酶对载体进行线性化之后,然后进行胶回收,得到的线性化载体;根据合成片段序列合成pcr引物,将合成片段使用pcr引物进行pcr扩增...
因此,构建KDM2A的敲除细胞系,并以此用于细胞凋亡信号通路的研究是极为重要的,构建成功的细胞系可用于蛋白水平表达、转录组分析以及其他多种实验用途。虽然目前有部分关于KDM2A基因沉默以及RNA干扰的相关报道,但是与基因敲除相比,基因敲除的效果更为彻底,更有利于研究KDM2A对细胞增殖和凋亡作用的影响。
2.7. RNA-seq and KEGG pathway enrichment analysis Two groups of cells were collected: 293T cells (two replicates) and NDUFS7-deficient 293T cells (two replicates). Total RNA was extracted from cells using TRIzol reagent and treated with DNase I to remove genomic DNA. After the assessment of...
第一章利用CRISPR/Cas9技术在HepG2和293T细胞内敲除LMNA基因目的:利用CRISPR/Cas9技术对体外培养的293T与HepG2细胞株的LMNA(Lamin A,A型核纤层蛋白)基因进行编辑,获得LMNA基因敲除细胞系,并观察细胞核膜变化以及整体细胞形态的变化。方法:利用CRISPR/Cas9系统对293T细胞以及HepG2细胞的LMNA基因进行编辑,然后进行嘌呤霉...
Similar as in our study, they only found translational evidence (by MS) for 0.44% of the noncanonical proteins reported by their RNA-Seq and Ribo-Seq experiments. The detection of a protein is also dependent on several other characteristics such as its abundance (sensitivity) and physicochemical...