16S rRNA基因的V3-4区域和V4区域在进行微生物群落分析时有一些不同的特点。 1.序列覆盖范围: V3-4区域:覆盖16S rRNA基因的第三和第四可变区。这个区域比V4区域更长,提供更广泛的序列信息。 V4区域:只包含第四可变区。这个区域较短,但仍能提供关于微生物群落的有用信息。
针对性:V3-V4区是16S rRNA基因中的一个可变区,通常用于细菌多样性分析,尤其适用于肠道样本。通过测序这个区域,可以识别部分细菌种类。 成本效益:相较于16S全长测序,V3-V4区测序成本较低,同时测序效率和分辨率也较高,适合大样本量的研究。 总结: 如果需要全面了解微生物群落信息,且预算充足,16S检测更为实用。 如果...
3) 使用在线工具：有些在线工具可以帮你自动定位16S rRNA的V3-V4区域，例如Microbiome Helper。
3. 定位V3-V4区域：由于16S rRNA基因全长约为1500bp，包含9个可变区（V1-V9）和10个保守区（C1-C...
同时，对于目标扩增子区域的选择，我们通常聚焦于16S rRNA基因的V3-V4区域或18S rRNA基因的V4区域，这些区域包含丰富的微生物多样性信息。在准备DNA片段进行测序时，引物设计是一个至关重要的环节，它直接影响到扩增的效率和特异性。在扩增子测序文库的构建过程中，选择适当的引物对至关重要。引物设计需依据目标片段的...
本文试图确定对16S rRNA V3V4与V4基因区域的一步或两步PCR的建库方案对上呼吸道和下呼吸道微生物组的影响对收集的样本进行了三个设置下的lllumina MiSeq测序设置1(两步PCR,V3V4区域)设置2(两步PCR,V4区域)设置3(一步PCR,V4区域)分别对这三个设置产生的测序数据进行分析结论PCR步骤数量的差异会影响对呼吸道微...
16S rRNA基因扩增子测序是目前微生物群落研究的首选方法。但是关于程序差异的比较研究很少。 对人类粪便样本和模拟群落进行了测序。 针对不同可变区域(V -region)范围(V1-V2、V1-V3、V3-V4、V4、V4- v5、V6-V8、V7-V9)进行研究,以了解由于引物选择不同导致的结果差异。
细菌的16S rRNA有9个可变区,大概位置看图: 0100200300 400 500 600 700 800 9001000 110012001300 14001500bp-|||-V1-|||-V2-|||-V3-|||-V4-|||-V5-|||-V6-|||-V7-|||-V8-|||-V9-|||-V1-V9:可变区-|||-V6-|||-V7-|||-V4-|||-l-|||-V5-|||-量-|||-V8-|||-V3-|||...
目前市面上常用的用于研究环境微生物的高通量测序平台有Illumina MiSeq,Roche 454和Ion Torrent PGM。针对于细菌的16S rRNA基因序列分析,MiSeq凭借其测序读长长、测序周期短、通量大等特点,成为使用最为普遍的测序平台。目前用于16S rRNA基因深度测序的区域主要有V4区,V3-V4区、和V4-V5区等。
传统的认知中,普遍认为测序片段越长,测到物种数据就越多,故倾向选择16S V3V4。然而16S V4(515-806)引物通用性相对是所有可变区中最高的。且在大规模菌群调查研究中,如人体菌群研究HMP,地球微生物计划EMP,欧洲的FGFP、美国肠道计划AGP以及全球土壤菌群调查,都采用V4区作为检测区域。16S V4目前仍然是国际研究中使用...