16S rRNA基因的V3-4区域和V4区域在进行微生物群落分析时有一些不同的特点。 1.序列覆盖范围: V3-4区域:覆盖16S rRNA基因的第三和第四可变区。这个区域比V4区域更长,提供更广泛的序列信息。 V4区域:只包含第四可变区。这个区域较短,但仍能提供关于微生物群落的有用信息。
尽管具有高细菌载量的上呼吸道样本能够缓冲因污染水平不同而导致的实验方案影响,但具有低细菌载量的下呼吸道样本将无法抵抗这些影响。 本文 试图确定对16S rRNA V3V4与V4基因区域的一步或两步PCR的建库方案对上呼吸道和下呼吸道微生物组的影响 对收集的样本进行了三个设置下的lllumina MiSeq测序 设置1(两步PCR,...
文章作者给出的结论是文库制备和测序方法的选择会对呼吸道微生物组的分析产生影响,且对上呼吸道的影响小于下呼吸道。靶向扩增子区域的差异(16S rRNA基因V3 V4与V4)并未表现出对细菌群落描述的重大影响。对于整篇研究存在的主要的局限性在于仅研究了DNA提取后的PCR步骤,污染或影响也可能来自于更前期的处理。 编者按 ...
c. 许多菌群研究选择半保守可变区(v4),在门水平可以提供与16s rrna基因全长精度相同的信息。 (yang b, et al.2016) d. 当较高分类未知时,极不保守可变区用来争论判别是否是新物种,极不保守可变区常应用于检测病原菌。 e. 在病原菌检测中,v3和v6提供的属的信息最准确,在肠道和深海样本中,结果与16s rrna...
定位V3-V4区域通常需要参照已知的保守区域位置。V3-V4区域是16S rRNA基因中最常用的扩增区域之一，因为这...
目前市面上常用的用于研究环境微生物的高通量测序平台有Illumina MiSeq,Roche 454和Ion Torrent PGM。针对于细菌的16S rRNA基因序列分析,MiSeq凭借其测序读长长、测序周期短、通量大等特点,成为使用最为普遍的测序平台。目前用于16S rRNA基因深度测序的区域主要有V4区,V3-V4区、和V4-V5区等。
以往的研究发现,受 16S rRNA 基因序列高变区的保守程度不同,测定不同高变区会显著影响细菌群落系统发育的多样性,其中 V3-V4 区特异性好,数据库信息全,是目前细菌多样性分析注释的常用选择。此外,测序通量的大小也是影响细菌群落信息的...
在进行16S rRNA基因测序时，选择合适的可变区域对于分析微生物群落结构至关重要。不同区域的特异性决定了它们在不同研究中的应用。例如，V1-V3区域（长度525bp）适用于454平台，V3区域（长度约200bp）适用于Illumina Miseq平台（PE125），而V3-V4区域（长度464bp）适用于Illumina Miseq平台（PE300），...
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16S rRNA是指原核生物核糖体30S亚基的组成部分，全长约1542nt，具有高度的保守性和特异性。16S rRNA基因在所有细菌的基因组中都存在，由保守区和可变区组成。保守区反映了物种间的亲缘关系，而可变区则揭示了物种间的差异。这些区域交替排列，使16S rRNA基因成为设计通用引物进行目的片段扩增的依据，并...