V3-V4区域是16S rRNA基因中最常用的扩增区域之一，因为这两个区域具有足够的可变性来区分不同的细菌种类...
c. 许多菌群研究选择半保守可变区(v4),在门水平可以提供与16s rRNA基因全长精度相同的信息。 (yang b, et al.2016) d. 当较高分类未知时,极不保守可变区用来争论判别是否是新物种,极不保守可变区常应用于检测病原菌。 e. 在病原菌检测中,v3和v6提供的属的信息最准确,在肠道和深海样本中,结果与16s rRNA...
16S rRNA编码基因序列共有9个保守区和9个高可变区。其中,文献中常用的区域是V1-V2,V3-V4,V4-V5等区域。 细菌16S rRNA基因序列组成及引物选择 细菌多样性分析的流程图如下: 高通量测序分析流程 ·数据库:Silva,GreenGene,RDP 收集目前世界上最全面的三大微生物rRNA基因信息数据库。 ·高通量测序 目前市面上常用...
16S rRNA酸菜细菌群落结构为探究东北自然发酵酸菜中细菌群落结构,本试验采用454 FLX+平台对东北地区传统自然发酵的16份酸菜汁样品中细菌16S rRNA基因的V3-V4区进行测序.通过454焦磷酸测序,共得到302327条有效序列.计算Chao 1指数,Shannon指数和Simpson指数,对样品菌群的Alpha多样性进行评价,发现松原和大庆样品的细菌群落...
细菌和原核生物的遗传标志物16S rRNA，因其特性在微生物多样性分析中占据关键角色。16S rRNA基因有三种主要类型，其中16S rRNA（约1540bp）由于在原核细胞中的普遍存在，含量高且拷贝数多，成为研究细菌多样性的理想选择。它编码的基因序列具有9个保守区和9个高变区，其中V1-V2、V3-V4、V4-V5等区域...
以往的研究发现,受 16S rRNA 基因序列高变 区的保守程度不同,测定不同高变区会显著影响细 菌群落系统发育的多样性,其中 V3-V4 区特异性好, 数据库信息全,是目前细菌多样性分析注释的常用 选择[5].此外,测序通量的大小也是影响细菌群落 信息的重要因素,例如,Illumina MiSeq 之所以逐渐 取代了最初的 454 GS ...
个人认为，V3区就是16SrRNA的保守区域，通常引物就是根据这个V3保守区域设计。。。我也菜鸟，互相交流，不知道有没说错
采用 D3096-01微量DNA试剂盒提取标本中细菌DNA,对收集的标本DNA样品进行16S rRNA基因V3-V4区PCR扩增,应用MiSeq 300测序仪对扩增的16S rDNA高变区序列进行测序,分析标本中病原菌的分类组成、分布特点以及各病原菌在标本中的相对含量,...
采用Illumina MiSeq高通量测序技术对撂荒地(CK),生长1 a(BM-1Y),3 a(BM-3Y)和5 a(BM-5Y)的甘肃贝母根际土壤细菌16S rRNA基因V3-V4可变区进行测序分析,探究不同生长年... 武睿,陈垣,郭凤霞,... - 《干旱地区农业研究》 被引量: 0发表: 2021年 基于16S rRNA和HSP60基因序列分析粘细菌孢囊杆菌亚目形...
摘要 本发明公开了一种获取细菌16SrRNA基因的V3区核苷酸序列的方法及其专用引物。本发明的专用引物是由序列表的序列17和序列19所示的核苷酸组成的特异引物对。本发明提供的方法,包括如下步骤:(1)以细菌的基因组DNA为模板,用通用引物进行PCR扩增;通用引物是由序列表的序列17和序列18所示的核苷酸组成的引物对;(2)以...