微生物多样性测序是一种高通量DNA测序技术,广泛用于分析环境样本中微生物群落的组成和多样性。其中,16S/18S/ITS扩增子测序是一种常用的方法,利用特定的核糖体RNA基因片段(16S rRNA、18S rRNA和内转录间隔区,即ITS)作为标记,进行微生物群落结构的分析。 技术原理 利用聚合酶链式反应(PCR)技术,选择性地扩增特定的目标...
微生物多样性测序,又称扩增子测序,是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的某一或某几个区,使用Illumina MiSeq将目的区域正反向读通,通过检测目的区域的序列变异和丰度,对环境样本物种分类及丰度,种群结...
微生物多样性测序(扩增子测序)是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测,获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。 相信关注我们的小伙伴对此并不陌生。 这次我们整合了大家平时会遇到的一些问题,在原有的基础上对报告进一步完善。 报告全新升级 想...
通过提取样本中的微生物DNA,我们利用通用引物扩增并测序16S rDNA、18S rDNA或ITS区域全长,从而深入了解微生物的多样性。🌱📊 这一过程不仅包括原始测序数据的获取,还有分组信息、DADA2去噪、Vsearch聚类等精细化的数据分析步骤。通过这些分析,我们可以获得OTUs(操作分类单元)、物种分类水平注释,以及系统发育树的构建。
微生物 16S/18S/ITS 测序 16S rDNA 扩增子测序:16S rDNA 为原核生物中编码核糖体小亚基 rRNA 的 DNA 序列,具有 9 个高变区域(V1-V9)和 10 个保守区域,其中保守区反映细菌种属间亲缘关系,高变区反映了物种间的特异性,选择通用引物进行 PCR 扩增,进而通过新一代测序技术对 16S rDNA 的单个或多个高变区...
ITS测序:在真核生物中,18S rDNA和28S rDNA转录间隔序列称为ITS区。ITS由于是非转录区,承受的选择压力较小,变异强。ITS属于中度保守区域,利用它可研究种及种以下的分类阶元。 扩增子测序研究对象 扩增子测序技术优势: 鉴定效率高:与克隆或培养等传统鉴定方法相比,微生物群16S/18S/ITS测序是一种更快、更准确的方...
ITS在真核生物rDNA基因上的位置 18S rDNA测序和ITS测序被广泛应用在真菌分类鉴定中。其中ITS作为非编码区,承受的选择压力较小,相对变化较大,因此ITS测序在环境微生物中真菌多样性分析中更常用。 二扩增子测序的技术流程 扩增子测序流程是先对环境样本提取的总DN...
针对核糖体小亚基SSU rRNA可变区的测序分析方法被广泛应用于环境微生物群体多样性研究。原核微生物通常为16S rDNA测序(全长约1,500bp),真核微生物一般为18S rDNA(全长约1,500-2,000bp,鉴定属以上的分类)和ITS rDNA(约400-900bp)测序,传统的16S分析方法针对部分可变区(如V3或V4),很难将物种精确鉴定到属以下...
16s/18s/ITS微生物分类测序 项目介绍 环境微生物是自然界中分布最广、种类最多、数量最大的生物类群,其群落结构及多样性和微生物的功能及代谢机理是微生物生态学的研究热点,对于我们研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用以及人类医疗健康有着重要的理论和现实意义。
ITS测序：在真核生物中，18S rDNA和28S rDNA转录间隔序列称为ITS区。ITS由于是非转录区，承受的选择压力较小，变异强。ITS属于中度保守区域，利用它可研究种及种以下的分类阶元。扩增子测序研究对象。扩增子测序技术优势：鉴定效率高：与克隆或培养等传统鉴定方法相比，微生物群16S/18S/ITS测序是一种更快、更准确...