微生物多样性测序,又称扩增子测序,是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的某一或某几个区,使用Illumina MiSeq将目的区域正反向读通,通过检测目的区域的序列变异和丰度,对环境样本物种分类及丰度,种群结...
16S/18S/ITS全长测序是指通过提取样品中微生物的DNA，使用通用引物扩增微生物的16S rDNA、18S rDNA或ITS区域全长，然后对其进行测序的过程。16S/18S/ITS全长测序可用于微生物多样性的检测。16S rDNA存在于所有细菌基因组，能体现不同菌属之间的差异，目前被广泛用于病原菌的检测和鉴定。16S rDNA全长测序可用于分析...
18S rDNA测序和ITS测序被广泛应用在真菌分类鉴定中。其中ITS作为非编码区,承受的选择压力较小,相对变化较大,因此ITS测序在环境微生物中真菌多样性分析中更常用。 二扩增子测序的技术流程 扩增子测序流程是先对环境样本提取的总DNA进行特定区域PCR扩增富集、建库测...
其中,16S/18S/ITS扩增子测序是一种常用的方法,利用特定的核糖体RNA基因片段(16S rRNA、18S rRNA和内转录间隔区,即ITS)作为标记,进行微生物群落结构的分析。 技术原理 利用聚合酶链式反应(PCR)技术,选择性地扩增特定的目标DNA片段,通常是细菌和古细菌的16S rRNA基因区域,或者真核生物的18S rRNA/ ITS区域。这些片段...
16S/18S/ITS扩增子测序基于第二代高通量技术NGS,对16SrRNA/18SrRNA/ITS等基因序列进行测序分析,是先进的微生物种群鉴定测序技术,能同时对样品中的优势物种、稀有物种以及一些未知的物种进行检测分析,获得样品中的微生物群落组成以及它们之间的相对丰度。探讨微生物多样性对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资...
扩增子测序是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序。 16S rDNA测序 :16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列,主要进行细菌或古菌的多样性分析。 18S rDNA测序 :18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列,反映样品中真核生物之间的种类差异。 ITS 测序 :该类测序主要对环境微生物中的真菌多...
16S/18S/ITS扩增子测序是采用通用引物对特定区域的PCR产物或片段进行高通量测序的一项技术,通过检测特定区域的序列变异和丰度,探究环境样本中微生物群落结构、进化关系等信息。 16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。具有10个保守区和9个高变区,其中保守区的细菌间差异不大,高变区具有属或种的特异性,...
基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起到重要作用 18S rDNA或ITS(Internal Transcribed Spacer)被广泛应用在真菌分类鉴定中。18S rDNA在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类;ITS属于中度保守区域,利用它可研究种及种以下的分类阶元。 研究内容 16S/18S/ITS扩增子测序即通过提取环境样品的DNA...
针对核糖体小亚基SSU rRNA可变区的测序分析方法被广泛应用于环境微生物群体多样性研究。原核微生物通常为16S rDNA测序(全长约1,500bp),真核微生物一般为18S rDNA(全长约1,500-2,000bp,鉴定属以上的分类)和ITS rDNA(约400-900bp)测序,传统的16S分析方法针对部分可变区(如V3或V4),很难将物种精确鉴定到属以下...
ITS 测序:在真核生物中,18S rDNA和28S rDNA转录间隔序列称为ITS区。ITS由于是非转录区,承受的选择压力较小,变异强。ITS属于中度保守区域,利用它可研究种及种以下的分类阶元。 扩增子测序技术优势: 鉴定效率高:与克隆或培养等传统鉴定方法相比,微生物群16S/18S/ITS测序是一种更快、更准确的方法; ...